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比较两个文件（fasta和txt），如果匹配，则使用来自txt文件的值为fasta标头添加前缀

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我想根据参考文本文件中的信息更改我的FASTA标头 . 所以说我有两个文件：

file1.txt（引用，制表符分隔）

chr1:100-1000(+)   ORF1_ORF2_
chr2:30-400(-)     ORF2_
chr3:50-4500(+)
chr4:60-800(-)     ORF1_

file2.fasta

>chr1:100-1000(+)
TTTTGAGAGGACTTCTCTGAGAGCTATGCTAGTCATCGAGGGGAAA
>chr2:30-400(-)
GGGGGGAGAGAGATCTCTGAGCTAGTCATCGTAGCTAGTCATGGGG
>chr3:50-4500(+)
ATGCGCGAGCGAGCGCGACGATCATCGTAGCTACAAAAAAAAAAAG
>chr4:60-800(-)
AGTCTAGCTATCGTAGCTGATCGTAGCTAGCTGATCGTAGCTAGTC

我想使用file1.txt中的$ 1来识别file2.fasta中的相应头 . 如果匹配，则使用file1.txt中的$ 2为当前标头添加前缀 . 所以期望的输出将是：

output.fasta

>ORF1_ORF2_chr1:100-1000(+)
TTTTGAGAGGACTTCTCTGAGAGCTATGCTAGTCATCGAGGGGAAA
>ORF2_chr2:30-400(-)
GGGGGGAGAGAGATCTCTGAGCTAGTCATCGTAGCTAGTCATGGGG
>chr3:50-4500(+)
ATGCGCGAGCGAGCGCGACGATCATCGTAGCTACAAAAAAAAAAAG
>ORF1_chr4:60-800(-)
AGTCTAGCTATCGTAGCTGATCGTAGCTAGCTGATCGTAGCTAGTC

我过去曾使用awk来比较两个文件中的列，但是我对如何将文本文件与fasta文件（有 Headers 和序列而不是列）进行比较感到困惑 . 任何帮助都会很棒！

awk sed fasta

1 回答

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    $ awk 'NR==FNR{m[">"$1]=$2;next} {sub(/^>/,"&"m[$0])} 1' file1 file2
>ORF1_ORF2_chr1:100-1000(+)
TTTTGAGAGGACTTCTCTGAGAGCTATGCTAGTCATCGAGGGGAAA
>ORF2_chr2:30-400(-)
GGGGGGAGAGAGATCTCTGAGCTAGTCATCGTAGCTAGTCATGGGG
>chr3:50-4500(+)
ATGCGCGAGCGAGCGCGACGATCATCGTAGCTACAAAAAAAAAAAG
>ORF1_chr4:60-800(-)
AGTCTAGCTATCGTAGCTGATCGTAGCTAGCTGATCGTAGCTAGTC

    以上假设file1中的$ 2不能包含 & .

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