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从multi fasta文件中的fasta序列末尾删除空格（*）

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我有一个multifasta文件，包含来自2个abinitio工具的预测蛋白质 . 每个序列最后都包含一个空格（*） . 我想从文件中删除它 . 我的序列是这样的：

>snapgene1
SFLPSAEAIEKVLSHMSRRIIDDMKAELQQPEMRWFWP*
>snapgene2
SFLPSAEAIEKVLSHIIIIAAAAKKKPPFFDDMKAELQQPEMRWFWP*

我想要这样的序列：

>snapgen1
SFLPSAEAIEKVLSHMSRRIIDDMKAELQQPEMRWFWP
>snapgene2
SFLPSAEAIEKVLSHIIIIAAAAKKKPPFFDDMKAELQQPEMRWFWP

任何人都可以帮助我 . 谢谢

awk sed grep

2 回答

  • 0

    如果文本存储在文件“temp.txt”中，则可以使用命令：

    sed -i "s/*$//" temp.txt
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  • 1

    在awk中，如果你在 file 保持你的快速：

    $ awk '{sub(/\*$/,"")}1' file
>snapgene1
SFLPSAEAIEKVLSHMSRRIIDDMKAELQQPEMRWFWP
>snapgene2
SFLPSAEAIEKVLSHIIIIAAAAKKKPPFFDDMKAELQQPEMRWFWP

    它什么都没有替换尾随 * .

    回复于

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