首页 文章

将变量添加到包含每行最大值的数据框

提问于
浏览
28

我想在数据框( df )中添加一个变量(列),在每行中包含第2到第26列的该行的最大值 .

对于第一行,代码将是:

df$max[1] <- max(df[1,2:26])

我正在寻找一种方法来概括第1行到第865行 . 如果我给:

df$max[1:865] <- max(df[1:865, 2:26])

我得到变量 df$max 的所有行的总体最大值 .

3 回答

  • 34

    你可以使用 apply . 例如:

    df[, "max"] <- apply(df[, 2:26], 1, max)
    

    这是一个基本的例子:

    > df <- data.frame(a=1:50, b=rnorm(50), c=rpois(50, 10))
    > df$max <- apply(df, 1, max)
    > head(df, 2)
      a          b  c max
    1 1  1.3527115  9   9
    2 2 -0.6469987 20  20
    > tail(df, 2)
        a          b  c max
    49 49 -1.4796887 10  49
    50 50  0.1600679 13  50
    
  • 28

    矢量化版本 pmax

    df$max <- do.call(pmax, df[2:26])
    
  • 1

    这是另外两种方法 . 第一个,在基数R中,是将矩阵提取 [max.col 组合在一起,它返回索引每行中最大值的列位置的向量 .

    df$max <- df[2:26][cbind(seq_len(nrow(df)), max.col(df[2:26]))]
    

    cbind 构造一个矩阵,索引每行的最大值的位置, [ 使用它来提取该值 .

    第二种是在 matrixStats 包中使用 rowMaxs .


    我们来做一些基准测试 .

    # data.frame with 1000 observations and 26 variables
    set.seed(1234)
    df <- data.frame(id=paste0(letters[-1], 1:40), matrix(rnorm(25000L, 5L, 10L), 1000L))
    

    同时将 matrixStats 包中的 rowMaxs 函数添加到混合中 .

    library(matrixStats)
    library(microbenchmark)
    
    microbenchmark(apply=apply(df[, 2:26], 1, max),
                   pmax=do.call(pmax, df[2:26]),
                   max.colSub=df[2:26][cbind(seq_len(nrow(df)), max.col(df[2:26]))],
                   rowMaxs=rowMaxs(as.matrix(df[2:26])))
    Unit: microseconds
            expr      min        lq      mean    median        uq      max neval cld
           apply 1610.540 1786.5905 2193.5334 1863.5680 1990.4380 6915.999   100   c
            pmax  354.382  364.6455  380.1720  373.3405  385.4580  567.923   100 a  
      max.colSub  604.416  651.7430  822.6015  664.7155  681.2510 3086.512   100  b 
         rowMaxs  243.762  264.0040  320.2350  277.9750  290.5190 2328.712   100 a
    

    因此, rowMaxs 是明显的赢家,接着是 pmax ,然后是 max.col ,矩阵提取, apply 位于包的尾端 .

    对于包含10000行和26列的data.frame,我们得到了类似的故事:

    set.seed(1234)
    df <- data.frame(id=paste0(letters[-1], 1:400), matrix(rnorm(250000L, 5L, 10L), 10000L))
    

    上面的代码返回

    Unit: milliseconds
           expr       min        lq      mean    median        uq      max neval cld
          apply 15.193361 18.299830 21.737516 20.337880 21.774793 99.44836   100   c
           pmax  3.060853  3.101481  3.156630  3.137545  3.191430  3.54182   100 a  
     max.colSub  3.338828  3.642603  7.051700  3.992708  6.336531 84.43119   100  b 
        rowMaxs  1.244184  1.322302  2.675281  1.508474  1.638053 79.28054   100 a
    

相关问题