Jupyter R内核崩溃了-Java 学习之路

我刚从Anaconda安装了R essentials（已经在我的计算机上安装了R），以便在Jupyter中使用R.

现在，当我在Jupyter中打开一个新的R笔记本，几秒钟后（甚至没有输入任何内容），内核崩溃并需要重新启动 .

我在终端上得到的错误是

[I 12:30:36.297 NotebookApp] Kernel started: dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89

dker.load中的IRkernel :: main（）错误（文件，DLLpath = DLLpath，...）：无法加载共享对象'/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi /libs/stringi.so'：/ home / alberto / anaconda3 / lib / R / library / rzmq / libs /.. / .. / .. / . / libstdc .so.6：版本CXXABI_1.3.8'未找到（需要/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so）调用：:: ... tryCatch - > tryCatchList - > tryCatchOne - > <Anonymous> Execution暂停[I 12：30：39.299 NotebookApp] KernelRestarter：重启内核（1/5）IRkernel :: main（）dyn.load中的错误（文件，DLLpath = DLLpath，...）：无法加载共享对象'/ home /alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so'：/ home / alberto / anaconda3 / lib / R / library / rzmq / libs /../../ . 找不到./../libstdc .so.6：versionCXXABI_1.3.8'（/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so要求）调用:: ：... tryCatch - > tryCatchList - > tryCatchOne - >执行暂停[I 12：30：42.309 NotebookApp] KernelRest arter：重启内核（2/5）IRkernel :: main（）dyn.load中的错误（文件，DLLpath = DLLpath，...）：无法加载共享对象'/ home / alberto / R / x86_64-pc-linux -gnu-library / 3.2 / stringi / libs / stringi.so'：/ home / alberto / anaconda3 / lib / R / library / rzmq / libs /../../../../libstdc .so.6 ：找不到版本CXXABI_1.3.8'（/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so要求）调用：:: ... tryCatch - > tryCatchList - > tryCatchOne - > <Anonymous>执行暂停[I 12：30：45.315 NotebookApp] KernelRestarter：重启内核（3/5）IRkernel :: main（）dyn.load中的错误（文件，DLLpath = DLLpath，...）：无法加载共享对象'/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so'：/ home / alberto / anaconda3 / lib / R / library / rzmq / libs找不到/../../../../libstdc .so.6：versionCXXABI_1.3.8'（/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs要求/stringi.so）调用：:: ... tryCatch - > tryCatchList - > tryCatchOne - >执行暂停[W 12：30：4 6.485 NotebookApp]超时等待来自dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89的内核_info回复[I 12：30：48.322 NotebookApp] KernelRestarter：重启内核（4/5）警告：root：kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89重启IRDEnel :: main（）dyn.load中的错误（文件，DLLpath = DLLpath，...）：无法加载共享对象'/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi /libs/stringi.so'：/ home / alberto / anaconda3 / lib / R / library / rzmq / libs /../../../../libstdc .so.6：版本`CXXABI_1.3.8'不是发现（需要/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so）调用：:: ... tryCatch - > tryCatchList - > tryCatchOne - >执行暂停[ W 12：30：51.329 NotebookApp] KernelRestarter：重启失败[W 12：30：51.329 NotebookApp]内核dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89死亡，从 Map 中删除 . 错误：root：内核dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89重启失败！ [W 12：30：51.361 NotebookApp]在会话之前删除了内核

我想这可能是共享库的一个问题，但我无法弄清楚如何解决它...

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（仅限TEMP FIX）

见这个讨论：https://groups.google.com/a/continuum.io/forum/#!topic/conda/nqPfPGYP--g

我能够使用建议的临时修复程序运行我的内核：

$ conda remove gcc libgcc

回复于 2024-04-30T15:29:46+08:00

我有同样的问题 . 问题似乎是Jupyter中的R内核正在查看具有较旧版本的ibstdc .so.6的不同位置 .

以下步骤适用于我（以root身份登录，因为R和python以root用户身份安装）：

cp -fv /usr/local/lib64/libstdc++* /lib64/
cd /lib64
ln -sfT libstdc++.so.6.0.21 libstdc++.so.6

说明：

[root@SERVER ~]# strings /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 | grep CXXABI_1.3
CXXABI_1.3
CXXABI_1.3.1
CXXABI_1.3.2
CXXABI_1.3.3
CXXABI_1.3.4
CXXABI_1.3.5
CXXABI_1.3.6
CXXABI_1.3.7
CXXABI_1.3.8
CXXABI_1.3.9
CXXABI_1.3
CXXABI_1.3.2
CXXABI_1.3.6
CXXABI_1.3.9
CXXABI_1.3.1
CXXABI_1.3.5
CXXABI_1.3.8
CXXABI_1.3.4
CXXABI_1.3.7
CXXABI_1.3.3
[root@SERVER ~]# strings /lib64/libstdc++.so.6 | grep CXXABI_1.3
CXXABI_1.3
CXXABI_1.3.1
CXXABI_1.3.2
CXXABI_1.3.3
CXXABI_1.3.4
CXXABI_1.3.5
CXXABI_1.3.6
CXXABI_1.3.7

我们可以看到/ lib64 / libstdc .so.6指向比/ usr / local / lib64 / libstdc .so.6更旧的版本 .

[root@SERVER ~]# ls /lib64/libstdc++.so.* -lrt
-rwxr-xr-x 1 root root   830776 Mar  5  2015 /lib64/libstdc++.so.5.0.7
lrwxrwxrwx 1 root root       18 Apr 29  2016 /lib64/libstdc++.so.5 -> libstdc++.so.5.0.7
lrwxrwxrwx 1 root root       19 Jan 27 01:46 /lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.19
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Feb  3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.19
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Feb  3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.21
-rw-r--r-- 1 root root     2397 Feb  3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.21-gdb.py
[root@SERVER ~]# ls /usr/local/lib64/libstdc++* -lrt
-rwxr-xr-x 1 root root      905 Jun 15  2016 /usr/local/lib64/libstdc++fs.la
-rw-r--r-- 1 root root 10964026 Jun 15  2016 /usr/local/lib64/libstdc++fs.a
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Jun 15  2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.21
lrwxrwxrwx 1 root root       19 Jun 15  2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.21
lrwxrwxrwx 1 root root       19 Jun 15  2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so -> libstdc++.so.6.0.21
-rwxr-xr-x 1 root root      965 Jun 15  2016 /usr/local/lib64/libstdc++.la
-rw-r--r-- 1 root root 28847974 Jun 15  2016 /usr/local/lib64/libstdc++.a

因此，我将所有libstd文件从/ usr / local / lib64复制到/ lib64，然后将软链接更改为指向新版本 .

回复于 2024-04-30T15:29:46+08:00

Jupyter R内核崩溃了

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