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Pandas：在ID上分割数据帧并使用生成的文件名写入csv

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我有一个我想迭代的pandas数据帧 . 例如，我的数据框的简化版本可以是：

chr    start    end    Gene    Value   MoreData
chr1    123    123    HAPPY    41.1    3.4
chr1    125    129    HAPPY    45.9    4.5
chr1    140    145    HAPPY    39.3   4.1
chr1    342    355    SAD    34.2    9.0
chr1    360    361    SAD    44.3    8.1
chr1    390    399    SAD    29.0   7.2
chr1    400    411    SAD    35.6   6.5
chr1    462    470    LEG    20.0    2.7

我想迭代每个独特的基因并创建一个名为的新文件：

for Gene in df: ## this is where I need the most help

    OutFileName = Gene+".pdf"

对于上面的例子，我应该进行三次迭代，包括3个outfiles和3个数据帧：

HAPPY.pdf

chr1    123    123    HAPPY    41.1    3.4 
chr1    125    129    HAPPY    45.9    4.5 
chr1    140    145    HAPPY    39.3   4.1

SAD.pdf

chr1    342    355    SAD    34.2    9.0 
chr1    360    361    SAD  44.3    8.1 
chr1    390    399    SAD    29.0   7.2 
chr1    400    411    SAD    35.6   6.5

Leg.pdf

chr1    462    470    LEG    20.0    2.7

由块分割的结果数据帧内容将被发送到另一个将执行分析并返回要写入文件的内容的函数 .

python pandas dataframe

1 回答

  • 17

    您可以获取调用 unique 的唯一值，迭代它，构建文件名并将其写入csv：

    In [78]:
genes = df['Gene'].unique()
for gene in genes:
    outfilename = gene + '.pdf'
    print(outfilename)
    df[df['Gene'] == gene].to_csv(outfilename)
HAPPY.pdf
SAD.pdf
LEG.pdf

    一个更大熊猫 - thonic的方法是在'Gene'上进行分组，然后迭代这些组：

    In [93]:

gp = df.groupby('Gene')
# groups() returns a dict with 'Gene':indices as k:v pair
for g in gp.groups.items():
    print(df.loc[g[1]])   

    chr  start  end   Gene  Value  MoreData
0  chr1    123  123  HAPPY   41.1       3.4
1  chr1    125  129  HAPPY   45.9       4.5
2  chr1    140  145  HAPPY   39.3       4.1
    chr  start  end Gene  Value  MoreData
3  chr1    342  355  SAD   34.2       9.0
4  chr1    360  361  SAD   44.3       8.1
5  chr1    390  399  SAD   29.0       7.2
6  chr1    400  411  SAD   35.6       6.5
    chr  start  end Gene  Value  MoreData
7  chr1    462  470  LEG     20       2.7
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