我在R中有一个24行和10,000列的数字矩阵 . 该矩阵的行名基本上是文件名,我从中读取了对应于24行中每一行的数据 . 除此之外,我有一个单独的因子列表,包含24个entires,指定24个文件所属的组 . 有3组 - 醇类,碳氢化合物和酯类 . 它们所属的名称和相应组如下所示:
> MS.mz
[1] "int-354.19" "int-361.35" "int-368.35" "int-396.38" "int-408.41" "int-410.43" "int-422.43"
[8] "int-424.42" "int-436.44" "int-438.46" "int-452.00" "int-480.48" "int-648.64" "int-312.14"
[15] "int-676.68" "int-690.62" "int-704.75" "int-312.29" "int-326.09" "int-326.18" "int-326.31"
[22] "int-340.21" "int-340.32" "int-352.35"
> MS.groups
[1] Alcohol Alcohol Alcohol Alcohol Hydrocarbon Alcohol Hydrocarbon Alcohol
[9] Hydrocarbon Alcohol Alcohol Alcohol Ester Alcohol Ester Ester
[17] Ester Alcohol Alcohol Alcohol Alcohol Alcohol Alcohol Hydrocarbon
Levels: Alcohol Ester Hydrocarbon
我想生成一个树形图来查看矩阵中的数据是如何聚类的 . 所以,我使用了以下命令:
require(vegan)
dist.mat<-vegdist(MS.data.scaled.transposed,method="euclidean")
clust.res<-hclust(dist.mat)
plot(clust.res)
我得到了一个树状图 . 现在我想根据它们所属的组(即酒精,碳氢化合物或酯类)为树形图中的文件名着色 . 我查看了论坛上发布的不同例子
Label and color leaf dendrogram in r
Label and color leaf dendrogram in R using ape package
,但无法为我的数据实现它 . 我不确定如何将row.names与MS.groups相关联以获得树形图中的彩色名称 .
在使用dendextend生成树时(如https://nycdatascience.com/wp-content/uploads/2013/09/dendextend-tutorial.pdf中所述),我得到以下树
以下是用于生成它的代码:
require(colorspace)
d_SIMS <- dist(firstpointsample5[,-1])
hc_SIMS <- hclust(d_SIMS)
labels(hc_SIMS)
dend_SIMS <- as.dendrogram(hc_SIMS)
SIMS_groups <- rev(levels(firstpointsample5[, 1]))
dend_SIMS <- color_branches(dend_SIMS, k = 3, groupLabels = SIMS_groups)
is.character(labels(dend_SIMS))
plot(dend_SIMS)
labels_colors(dend_SIMS) <- rainbow_hcl(3)[sort_levels_values(as.numeric(firstpointsample5[,1])[order.dendrogram(dend_SIMS)])]
labels(dend_SIMS) <- paste(as.character(firstpointsample5[, 1])[order.dendrogram(dend_SIMS)],"(", labels(dend_SIMS), ")", sep = "")
dend_SIMS <- hang.dendrogram(dend_SIMS, hang_height = 0.1)
dend_SIMS <- assign_values_to_leaves_nodePar(dend_SIMS, 0.5,"lab.cex")
par(mar = c(3, 3, 3, 7))
plot(dend_SIMS, main = "Clustered SIMS dataset\n (the labels give the true m/z groups)",horiz = TRUE, nodePar = list(cex = 0.007))
legend("topleft", legend = SIMS_groups, fill = rainbow_hcl(3))
3 回答
我怀疑你要找的功能是
color_labels
或get_leaves_branches_col
. 标签的第一种颜色基于cutree
(如color_branches
),第二种颜色允许您获取每个叶子的分支颜色,然后使用它为树的标签着色(如果您使用不寻常的方法为树枝着色(正如使用branches_attr_by_labels
时那样) . 例如:无论哪种方式,你应该总是看看
set
函数,了解你的树形图可以做什么(这节省了记住所有不同函数名称的麻烦) .您可以查看本教程,该教程显示了几种可视化R组中树状图的解决方案
https://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/1876_df0bf890dd54461f98719b461d987c3d.html
但是,我认为最适合您数据的解决方案是由'dendextend'包提供的 . 请参阅教程(有关'iris'数据集的示例,与您的问题类似):https://nycdatascience.com/wp-content/uploads/2013/09/dendextend-tutorial.pdf
另见插图:http://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/Cluster_Analysis.html
您可以尝试此解决方案,仅使用'MS.groups'和'var'更改'labs',并将'MS.groups'转换为数字(可能使用as.numeric) . 它来自How to colour the labels of a dendrogram by an additional factor variable in R