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使用树状图和样品标签绘制热图

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使用 made4 的 heatmap 函数，我从示例文件中创建了这个热图树形图：

data(khan)
heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red")

如何在热图的边缘为样本添加一组标签，如下图所示？

enter image description here

在这种情况下，标签是与热图第一列和顶行相邻的正方形，用于表示每个样本的标签，以便可以看到标签是否与热图/树形图所示的聚类相对应 . 在这个特殊的情节中，他们选择使这些标签与树状图簇的颜色完全对应，但不一定是这种方式，我正在寻找方法只是为样本添加一个通用的列和一行标签 . 可能不对应于应用树形图的特定阈值所产生的聚类 .

heatmap 函数和 khan 数据来自 made4 ：

require(made4)

见http://www.bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/pages/made4/html/heatplot.html

我很高兴使用可以绘制相同内容的 heatplot 的替代方案，一个基于层次聚类的侧面有两个树形图的热图 . heatplot 只是一个例子 .

当我尝试 heatmap.2 像@HeatherTurner建议我得到这个图像（不知道如何关闭矩阵上的行/列标签，使其更少聚集）：

enter image description here

热图看起来已损坏 . 这是用小数据集重现这个代码的代码：

require(gplots)
data(khan)
heatmap.2(as.matrix(khan$train[1:30,])

生成这个：
enter image description here

导致这些损坏的热图的原因是什么？

更新：道歉，我认为热图没有损坏，只是 trace 列导致青色线通过热图绘制 . 设置 trace=none 解决了这个问题 .

ps它看起来像 heatmap 有 RowSideCols ，可能是同一个参数？

r plot ggplot2 cluster-analysis dendrogram

2 回答

  • 2

    尝试 gplots 包中的 heatmap.2 函数，它包含参数 RowSideColors 和 ColSideColors 来创建侧栏 .

    如果这不符合您的需要， heatmap.plus 包允许进一步自定义，例如多个颜色边栏 .

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  • 0

    R中有一个名为'fheatmap'的新包 .

    cpan fheatmap

    我不能发布图片，因为我不熟悉博客 . 但请查看手册中的示例 .

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