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通过阈值将SciPy层次树状图切割成簇
我'm trying to use SciPy' s dendrogram 方法根据阈值将我的数据切割成多个簇 . 但是，一旦我创建了树形图并检索其 color_list ，列表中的条目就会少于标签 . 或者，我尝试使用 fcluster 与我在 dendrogram 中确定的相同阈值;但是，这不会产生相同的结果 - 它给了我一个集群而不是三个集群 . 这是我的代码 . import panda... -
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如何用R中的递归函数填充列表？
我正在使用HAC（Hierarchical Agglomerative Clustering） . 我有一个树形图，我正在尝试将元素保存到文件中，以进行后验分析（通过聚类为元素分配代码） . 我有一个递归函数，它接受树形图的一个分支并返回一个元素列表 . 我的问题如下，当函数返回列表时，它只包含我的分支的一个元素，尽管每个元素都正确附加 . 这是我的代码： lista_interna<-fu... -
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使用树状图和样品标签绘制热图
使用 made4 的 heatmap 函数，我从示例文件中创建了这个热图树形图： data(khan) heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red") 如何在热图的边缘为样本添加一组标签，如下图所示？ 在这种情况下，标签是与热图第一列和顶行相邻的正方形，用于表示每个样本的标签，以便可以看... -
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python中热图的分层聚类
我有一个NxM matri，其值介于0到20之间 . 我可以使用Matplotlib和pcolor轻松获得热图 . 现在我想使用scipy应用层次聚类和树形图 . 我想重新排序每个维度（行和列）以显示哪个元素相似（根据聚类结果） . 如果矩阵是方形（NxN），则代码类似于： clustering = linkage(matrix, method="average") dendr... -
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如何根据定义的组为树形图的标签着色？ （在R中）
我在R中有一个24行和10,000列的数字矩阵 . 该矩阵的行名基本上是文件名，我从中读取了对应于24行中每一行的数据 . 除此之外，我有一个单独的因子列表，包含24个entires，指定24个文件所属的组 . 有3组 - 醇类，碳氢化合物和酯类 . 它们所属的名称和相应组如下所示： > MS.mz [1] "int-354.19" "int-361.35&qu... -
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R聚类分析和具有相关矩阵的树形图
我必须对大量数据执行聚类分析 . 由于我有很多缺失值，我做了一个相关矩阵 . corloads = cor(df1[,2:185], use = "pairwise.complete.obs") 现在我有问题怎么回事 . 我读了很多文章和例子，但没有什么对我有用 . 我怎样才能知道有多少簇对我有好处？ 我已经尝试过了： dissimilarity = 1 - corloads...