library(nlme)
fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc),
data = Loblolly,
fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1,
random = Asym ~ 1,
start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3))
> summary(fm1)
Nonlinear mixed-effects model fit by maximum likelihood
Model: height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc)
Data: Loblolly
AIC BIC logLik
239.4856 251.6397 -114.7428
Random effects:
Formula: Asym ~ 1 | Seed
Asym Residual
StdDev: 3.650642 0.7188625
Fixed effects: Asym + R0 + lrc ~ 1
Value Std.Error DF t-value p-value
Asym 101.44960 2.4616951 68 41.21128 0
R0 -8.62733 0.3179505 68 -27.13420 0
lrc -3.23375 0.0342702 68 -94.36052 0
Correlation:
Asym R0
R0 0.704
lrc -0.908 -0.827
Standardized Within-Group Residuals:
Min Q1 Med Q3 Max
-2.23601930 -0.62380854 0.05917466 0.65727206 1.95794425
Number of Observations: 84
Number of Groups: 14
我有兴趣从NLME拟合的摘要输出中提取信息 .
我想提取一下
-
随机效应的StdDev(即Asym的StdDev,= 3.65)对于这个我试过
fm1$apVar
但没有运气 . -
固定效应的参数估计(即Asym = 101.44960,R0 = -8.62733等),可通过
fixef(fm1)
提取 -
固定效应的Std.Error(即2.46,0.317,0.034) . 对于这个我尝试了
sqrt(diag(fm1$varFix))
但这些值与固定效果下的Std.Error列下的值不完全匹配? -
logLikelihood(即-114.7428,可以使用
fm1$logLik
提取) -
残差(即0.7188625,可以使用
fm1$Residuals
提取)
我的最终目标是适应多个模型,并将各自的摘要估算值存储到有组织的 data.frame
中 .
fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc),
data = Loblolly,
fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1,
random = Asym ~ 1,
start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3))
fm2 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc),
data = Loblolly,
fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1,
random = Asym ~ 1,
start = c(Asym = 103, R0 = -5.4, lrc = -3.3))
summary(fm1)
summary(fm2)
mylist = list(NULL, summary(fm1), NULL, summary(fm2), NULL, NULL)
假设我的列表对象看起来像 mylist
. 现在我想创建一个如下所示的 data.frame
:
model FixedAsym FixedAsymStdError FixedR0 ... Residual
1 101.44960 2.4616951 -8.62733 0.7188625
2 101.44934 2.4616788 -8.62736 ... 0.7188625
并创建此data.frame(行数对应于我在 mylist
中有多少个模型摘要)我需要系统地从模型摘要输出中提取这些值(编号为1-5) .
1 回答
这里还有几件......
抱歉这不是一个完整的答案 - 可能很难创建一个像你所描述的汇总表,因为每个潜在行的结构将是不同的,并且将取决于包含哪些变量作为固定和随机效应 .