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segmented.lme（）对象的函数predict（）
我以前在包lme4中使用glmer（）运行混合模型分析 . 我在包MuMIn中应用函数dredge（）和get.models（）来量化top.models . 然后我在包MuMIn中使用了model.avg（）方法来为函数predict（）创建一个拟合对象 . 最后，我创建了一个名为newdat的newdata对象，即每个预测器的新对象 . 然后我使用 newdatfinal <- pred... -
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R：如何从摘要模型拟合中提取信息
library(nlme) fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc), data = Loblolly, fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1, start = c(Asym = 103... -
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使用lme的R中的混合效应模型
我正在分析有关鳟鱼生长的观察性研究的数据 . 因此数据框中有很多NA . 此外，不同的治疗方法具有不同的观察数量 . 所以我认为这可以称为不 balancer 设计？ Year Site FishID Size Cover AGE L1 2010 LT1 10_LT1 _ 11 Large Heavy 2 5.88 2010 LT3 10_LT3 _... -
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具有重复测量和随机块的混合模型
我试图用R中的随机块和重复测量的线性混合模型复制SAS模型 . 我使用SAS的教授在SAS中为此测试编写了语法 . 我对SAS的了解很差，因此我在R中的尝试 . 我在将重复测量语法合并到我的R模型中时遇到了麻烦 . 请指教 . 我正在研究动物丰度（模式物种）与三年内在27个网格中收集的许多栖息地变量（例如灌木密度，水分，木材）的关联 . 在这三年中，夏季和 Spring 季（季节）收集了丰富的数据... -
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在nlme和lme4中安装相同的模型
数据来自here library(nlme) dat0 <- read.table("aids.dat2",head=T) dat1 <- dat0[dat0$day<=90, ] # use only first 90-day data dat2 <- dat1[!apply(is.na(dat1),1,any),] # remove missi... -
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R相当于SAS中受试者的随机残差
我可以在SAS中用残差作为随机效应来编码这个问题（我相信这是鱼的r方随机拦截） proc glimmix data=one method=mmpl ; class fish; model increment =age growth_year age*growth_year; random residual / subject=fish ; run; 这是与AR（1... -
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在nlme中提取随机效果设计矩阵
线性混合效应模型传统上以下列方式配制 . Ri = Xi×βZi×biεi其中β表示估计的固定效应，Z表示随机效应 . 因此，X是经典的设计矩阵 . 使用R，我希望能够在使用来自nlme包的lme拟合模型后提取这两个矩阵 . 例如，也可以在nlme包中找到的数据集“Rails”包含在6个随机选择的铁路轨道上的三个单独的超声波传播时间测量值 . 我可以使用截距固定效果和每个轨道的随机效果拟合一个简... -
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pdBlocked的语法，用于指定混合效应模型nlme中的协方差矩阵
我有一个混合效果模型，我想在我的随机效应协方差矩阵中删除一些相关性以减少我的自由度 . 要做到这一点，我想我应该使用 pdBlocked 但无法获得正确的语法来获得我想要的具体内容 . 示例代码： library(nlme) m3 <- lme(distance ~ age +I(age^2) + I(age^3), data = Orthodont, random ... -
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计算nlme中参数的标准误差
我在nlme中运行非线性混合模型，我无法计算三个参数的标准误差 . 我们在这里有最终模型： shortG.nlme9 <- update(shortG.nlme6, fixed = Asym + xmid + scal ~ Treatment * Breed + Environment, start = c(shor... -
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减少模拟数据的变化
我在双变量纵向数据上运行模拟 . 我将描述我的代码，我希望减少组0的csse变化 . 因此，有两个类Y =（0,1），并且对于每个类我生成线性混合效应模型 . 每组有4个随机参数（截距和斜率），即协方差矩阵为4x4，随机效应之间存在相关性 . 此外，残差是矩阵2x2（每个变量都有误差）并且存在相关性 . 我假设每组中每个变量有4个固定效果参数 .因此，我的代码是： ###~~~ simulate ... -
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nlme：使用CSH协方差模型拟合混合模型
我正在尝试使用nlme软件包在R中使用重复测量（MMRM）模型拟合混合模型 . 数据的结构如下：每个患者属于三组之一（grp）并被分配到治疗组（trt） . 在6次就诊（访视）期间测量患者结果（y） . 我想在不同的访问中使用具有异构方差的复合对称模型（如SAS的PROC MIXED的CSH类型，https://support.sas.com/documentation/cdl/en/statug... -
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在R中重新编码SAS PROC混合模型
我正在尝试将混合模型从SAS重新编码为R，而我正处于艰难时期，因为SAS不是我曾经使用过的编码语言 . 我一直试图用三个文件来帮助我： A recap of mixed models in SAS and R lmer for SAS PROC Mixed Users Specifying linear mixed models in statistical packages 但是，我仍然遇到适合... -
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如何获取lme中随机效应的标准误差？
如果我使用 nlme 包中的R's lme 修复线性混合效果模型，我如何获得随机效应估计的标准误差？ 例如，如果 lme 给出以下结果： null.model <- lme(fixed = fev1 ~ 1, data = Data, random = ~ 1 | conwrd) null.model Linear mixed-effects model fit by REML D... -
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提取（i）随机效应的估计方差 - 协方差矩阵和/或（ii）来自lme4的混合模型方程解作为矩阵？
正如 Headers 所说我试图从lme4（或其他包？）对象中提取矩阵 . 为了清楚地说明我想要的内容，我认为最简单的方法是参考SAS文档：https://support.sas.com/documentation/cdl/en/statug/63033/HTML/default/viewer.htm#statug_mixed_sect022.htm Variance-covariance mat... -
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根据L中的lme到faceted ggplot的拟合值添加行
我正在使用R中的包ggplot2处理多面板图 . 我的数据集由20个物种组成，每个物种6个个体，每个个体有两个核心，每个核心由几个片段组成 . 这是我数据框子集的输出输出： all <- structure(list(Sp_ind_core = structure(c(82L, 150L, 127L, 103L, 30L, 25L, 112L, 159L, 170L, 27L), .Lab... -
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R中nlsList与组的非线性回归
以R中的mtcars为例：我想对mpg和disp之间的关系进行非线性回归，每个柱面和每组对比 . 在我的情况下，我有一个比mtcars大得多的数据帧 . 我知道没有足够的数据 . 但为了简化问题，我将始终使用mtcars，但假设我们有足够的数据来进行多组非线性回归，公式为tanh类型 . 我想为每个cyl和每组vs做一个tanh类型的回归，所以我尝试了： mtcars2 <-list() r... -
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Cholesky改变了lmer中的残留物
我目前正在使用线性混合模型（LMM），并希望执行一些残差分析 . 由于线性混合模型的残差“是相关的并且不一定具有恒定的方差”，因此它们不足以检查模型所依据的假设（Fitzmaurice等，2011，第266页） . 因此有人建议（Waternaux等人1989）使用Cholesky变换残差代替调查模型假设，参见Houseman等人 . （2004年）和Santos Nobre＆da Motta ... -
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使用lme或lmer指定受试者内和受试者间ANOVA模型作为固定效应
有没有办法指定双向ANOVA，一个受试者内预测因子和一个主体间预测因子使用lme（来自nlme）或lmer（来自lme4）？也许这是一个CrossValidated问题，但我不认为我对随机效应感兴趣，因为我不关心受试者内部的变异，也不关心对个别受试者的预测 . 我对平均受试者感兴趣，因此这应该是受试者内固定效应预测因子（即固定数量的水平）和受试者间固定效应预测因子 . 我不想要一个重复测量方差分析...