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bash - 在子目录中重命名fasta标头和文件名 - 追加前缀

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我的文件结构的简化示例是：

/Assemblies/A_velvet/contigs.fasta
/Assemblies/A_velvet/info.log
/Assemblies/BB_velvet/contigs.fasta
/Assemblies/BB_velvet/info.log

我正在尝试编写一个可以传递Assemblies目录的脚本 - 然后它将：

  • 循环遍历每个子目录（A_velvet，BB_velvet） - 取应变名称（A，BB）将其作为前缀添加到所有文件中（即A_contigs.fasta，A_file.log） .

  • 在contigs.fasta文件中的fasta标头中添加相同的前缀 . 也许使用sed命令替换（'s/>NODE/>$/g'）？

我发现了很多非常密切相关的问题，但似乎无法让它们发挥作用 . 很感谢任何形式的帮助！这里是我到目前为止的代码：

#!/bin/bash
#Run with: ./test.sh <assembly_directory>
#dir= directory with all assemblies inside it
dir=$1
for subdir in $dir 
do
    if [ -d "${subdir}" ]; then
    name=`basename $subdir|cut -d '_' -f 1`;
    echo "${subdir} name ${name}"
         for * in $subdir;
        `do mv "$file" "$subdir/${name}_$(basename "$file")"; done
    fi
done
bash recursion sed rename bioinformatics

1 回答

  • 0

    循环遍历目录内容的方法不起作用 . 在第一种情况下，循环中唯一的项是$ dir . 我不确定你在第二种情况下要做什么 . 尝试这样的事情：

    dir=$1 
for subdir in `ls $dir` 
do
    if [ -d "${subdir}" ]; then
        name=`basename $subdir|cut -d '_' -f 1`;
        echo "${subdir} name ${name}"
        for file in `ls $subdir`;
        do mv "$file" "$subdir/${name}_$(basename "$file")"; done
    fi
done
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