编辑：哈德利威克姆指出我错过了 . R CMD检查是投掷NOTES，而不是警告 . 我非常抱歉这种混乱 . 这是我的疏忽 .
简短版
每次我在ggplot2中使用sensible plot-creation syntax时， R CMD check 会抛出此注释：
no visible binding for global variable [variable name]
我理解为什么R CMD检查会这样做，但它似乎将整个其他合理语法的一部分定为犯罪 . 我不知道采取什么措施让我的包裹通过 R CMD check 并获准进入CRAN .
背景
Sascha Epskamp之前发布在essentially the same issue上 . 我认为，差异在于 subset() 的手册页says it's designed for interactive use .
在我的情况下，问题不是 subset() ，而是 ggplot2 的核心功能： data = 参数 .
我编写的代码示例生成这些注释
这是my package中的a sub-function，它为一个图添加了点：
JitteredResponsesByContrast <- function (data) {
return(
geom_point(
aes(
x = x.values,
y = y.values
),
data = data,
position = position_jitter(height = 0, width = GetDegreeOfJitter(jj))
)
)
}
R CMD check ，在解析这段代码时会说
granovagg.contr : JitteredResponsesByContrast: no visible binding for
global variable 'x.values'
granovagg.contr : JitteredResponsesByContrast: no visible binding for
global variable 'y.values'
为什么R CMD检查是正确的
检查在技术上是正确的 . x.values 和 y.values
-
未在函数
JitteredResponsesByContrast()中本地定义 -
未在全局或调用者的
x.values <- [something]形式中预定义 .
相反，它们是先前定义的数据帧中的变量，并传递给函数 JitteredResponsesByContrast() .
为什么ggplot2难以安抚R CMD检查
ggplot2似乎鼓励使用 data 参数 . 据推测，数据参数是此代码执行的原因
library(ggplot2)
p <- ggplot(aes(x = hwy, y = cty), data = mpg)
p + geom_point()
但是 this 代码会产生一个对象未找到的错误：
library(ggplot2)
hwy # a variable in the mpg dataset
两个解决方法，以及为什么我对两者都不满意
NULLing out策略
Matthew Dowle recommends首先将有问题的变量设置为NULL，在我的情况下看起来像这样：
JitteredResponsesByContrast <- function (data) {
x.values <- y.values <- NULL # Setting the variables to NULL first
return(
geom_point(
aes(
x = x.values,
y = y.values
),
data = data,
position = position_jitter(height = 0, width = GetDegreeOfJitter(jj))
)
)
}
我很欣赏这个解决方案，但我有三个原因不喜欢它 .
-
除了安抚
R CMD check之外，它没有任何其他用途 . -
它没有反映意图 . 它提出了
aes()调用将看到我们现在为空的变量的期望（它赢得't), while obscuring the real purpose (making R CMD check aware of variables it apparently wouldn'否则知道已经绑定） -
1和2的问题相乘因为每次编写一个返回plot元素的函数时，都必须添加一个令人困惑的NULLing语句
with（）策略
您可以使用 with() 明确表示可以在更大的环境中找到有问题的变量 . 就我而言，使用 with() 看起来像这样：
JitteredResponsesByContrast <- function (data) {
with(data, {
geom_point(
aes(
x = x.values,
y = y.values
),
data = data,
position = position_jitter(height = 0, width = GetDegreeOfJitter(jj))
)
}
)
}
该解决方案有效 . 但是，我甚至没有按照我期望的方式工作 . 如果 with() 真的解决了将解释器指向变量所在的问题，那么我甚至不需要 data = 参数 . 但是， with() 不能那样工作：
library(ggplot2)
p <- ggplot()
p <- p + with(mpg, geom_point(aes(x = hwy, y = cty)))
p # will generate an error saying `hwy` is not found
所以，再次，我认为这个解决方案与NULLing策略有类似的缺陷：
-
我仍然需要遍历每个绘图元素函数并在
with()调用中包装逻辑 -
with()电话具有误导性 . 我仍然需要提供data =参数;所有with()正在做的是安抚R CMD check.
结论
我看到它的方式，我可以采取三种选择：
-
大堂CRAN忽略这些说明，认为它们是"spurious"（依据CRAN policy），每次提交包裹时都这样做
-
使用两种不合需要的策略之一修复我的代码（NULLing或
with()块） -
哼声非常响亮，希望问题消失
这三个人都没有让我高兴，我想知道人们建议我（以及其他想要利用ggplot2的软件包开发者）应该做些什么 . 感谢所有提前 . 我非常感谢你甚至通过这个阅读:-)
4 回答
你有两个解决方案：
重写代码以避免非标准评估 . 对于ggplot2，这意味着使用
aes_string()而不是aes()（如Harlan所述）在包的顶层某处添加对
globalVariables(c("x.values", "y.values"))的调用 .在提交给CRAN时，你应该在你的包裹中争取0注意，即使你必须做一些有点hacky的事情 . 这使CRAN的生活更轻松，也更容易 .
（2014-12-31更新以反映我对此的最新想法）
你试过
aes_string而不是aes吗？这应该工作，虽然我没有尝试过：这个问题前一段时间已被提出并得到解答，但仅供参考，因为version 2.1.0还有另一种方法可以解决这些问题：
aes_(x=~x.values,y=~y.values).如果
您可以在包的顶层添加呼叫：
从：