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无法在python（Jupyter笔记本）中安装R包？

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我试图在jupyter笔记本中安装Rthon包在python 3x上 .

我知道我必须pip安装rpy2并且它已经成功了

当我在R中调用内置函数（如ccf）或其他简单问题时，这种方法很有效 .

# Call function from R
import os
os.environ['R_USER'] = 'D:\Anaconda3\Lib\site-packages\rpy2'
import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

但是，如果我想安装一个包，如 DirichletReg 或 vars ，那就不是那么容易了，尤其是可能需要下载更多的软件包 .

我确实按照中所述的链接

R, Python: install packages on rpy2

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('DirichletReg')

但是收到了以下RuntimeError

---------------------------------------------------------------------------
RRuntimeError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-16-32acf37e1ef9> in <module>()
      1 from rpy2.robjects.packages import importr
      2 utils = importr('utils')
----> 3 utils.install_packages('DirichletReg')

D:\Anaconda3\lib\site-packages\rpy2\robjects\functions.py in __call__(self, *args, **kwargs)
    176                 v = kwargs.pop(k)
    177                 kwargs[r_k] = v
--> 178         return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
    179 
    180 pattern_link = re.compile(r'\\link\{(.+?)\}')

D:\Anaconda3\lib\site-packages\rpy2\robjects\functions.py in __call__(self, *args, **kwargs)
    104         for k, v in kwargs.items():
    105             new_kwargs[k] = conversion.py2ri(v)
--> 106         res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
    107         res = conversion.ri2ro(res)
    108         return res

RRuntimeError: Error in (function (pkgs, lib, repos = getOption("repos"), contriburl = contrib.url(repos,  : 
py2/R/win-library/3.3'\Anaconda3\Lib\site-packages

有没有人早点发现这个困难？

python-3.x jupyter-notebook rpy2

1 回答

  • 0

    Jupyter Notebook用户（Windows）

    1）似乎我所经历的是R库与python库中的目录不在同一个目录中

    2）似乎需要先在R中安装一些软件包

    要解决此问题，需要在R中使用2个主要步骤，在Python Jupyter笔记本中需要另一个步骤

    第1步：转到R（Rstudio）

    码：

    install.packages('DirichletReg', dep = TRUE)

    这将告诉你

    package ‘httpuv’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘xtable’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘sourcetools’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘htmlwidgets’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘shiny’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘miscTools’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘maxLik’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘DirichletReg’ successfully unpacked and MD5 sums checked

    然后在R中加载包作为

    > loadNamespace('DirichletReg')

    它将输出为：

    <environment: namespace:DirichletReg>

    通过在R中编码来仔细检查目录：

    R.home()

    检查输出为

    "C:/PROGRA~1/R/R-33~1.3"

    特技！

    这不是R下载软件包的地方 . 您可以通过在R中编码来查看它下载到的位置：

    .libPaths()

    说结果是XYZ（复制这个）

    第2步：转到Jupyter笔记本

    检查当前的R目录（我假设你已经安装了rpy2）

    import rpy2
import os
os.environ['R_USER'] = 'D:\Anaconda3\Lib\site-packages\rpy2'
from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr('base')
print(base.R_home())

    输出将是

    "C:/Program Files/R/R-3.3.3"

    因此与包在XYZ中的R库目录不匹配

    因此，要导入或安装所有必需的新包装

    DirichletReg = importr("DirichletReg", lib_loc = "XYZ")

    这将会像我和其他所有人一样工作

    mi = importr("mi", lib_loc = "XYZ")
ggplot2 = importr("ggplot2", lib_loc = "XYZ")

    但是它没有用 DirichletReg 它给了我错误

    RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called 'ggplot2'
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