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使用pytables或pandas删除表或节点后释放hdf5磁盘内存

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我正在使用带有pandas / pytables的HDFStore .

删除表或对象后,hdf5文件大小不受影响 . 当将额外的对象添加到存储中时,似乎此空间会被重用,但如果浪费大的空间则可能会出现问题 .

我没有在pandas或pytables API中找到任何可能用于恢复hdf5内存的命令 .

您知道在hdf5文件中改进数据管理的任何机制吗?

1 回答

  • 10

    here

    你需要 ptrepack 它,它会重写文件 .

    ptrepack --chunkshape=auto --propindexes --complevel=9 --complib=blosc in.h5 out.h5
    

    作为一个例子(这也将压缩文件) .

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