ggplot2期望方阵，即使矩阵不对称-Java 学习之路

嗨，我试图在ggplot2中使用9行10列的矩阵绘制热图

我使用reshape2中的“as.matrix”表示法来熔化矩阵并得到以下输出

A1 =熔化（as.matrix（A））

Var1  Var2        value
1     1 X0.05 8.690705e-01
2     2 X0.05 1.930320e-01
3     3 X0.05 1.474900e-02
4     4 X0.05 3.498176e-04
5     5 X0.05 2.451419e-06
6     6 X0.05 4.946808e-09
7     7 X0.05 2.832895e-12
8     8 X0.05 4.563140e-16
9     9 X0.05 2.055474e-20
10    1  X0.1 5.906241e-01
11    2  X0.1 7.416265e-01
12    3  X0.1 2.311771e-01
13    4  X0.1 3.892639e-02
14    5  X0.1 3.361408e-03
15    6  X0.1 1.445629e-04
16    7  X0.1 3.043528e-06
17    8  X0.1 3.103555e-08
18    9  X0.1 1.522292e-10

输出正确，每列由9个值表示

然后我按值重新缩放并获得以下输出

A2 = ddply（A1， . （var2），transform，rescale = rescale（value））

Var1  Var2        value      rescale
1     1 X0.05 8.690705e-01 1.000000e+00
2     2 X0.05 1.930320e-01 2.221132e-01
3     3 X0.05 1.474900e-02 1.697101e-02
4     4 X0.05 3.498176e-04 4.025192e-04
5     5 X0.05 2.451419e-06 2.820737e-06
6     6 X0.05 4.946808e-09 5.692068e-09
7     7 X0.05 2.832895e-12 3.259684e-12
8     8 X0.05 4.563140e-16 5.250361e-16
9     9 X0.05 2.055474e-20 0.000000e+00
10    1  X0.1 5.906241e-01 7.963902e-01
11    2  X0.1 7.416265e-01 1.000000e+00
12    3  X0.1 2.311771e-01 3.117163e-01
13    4  X0.1 3.892639e-02 5.248786e-02
14    5  X0.1 3.361408e-03 4.532480e-03
15    6  X0.1 1.445629e-04 1.949266e-04
16    7  X0.1 3.043528e-06 4.103651e-06
17    8  X0.1 3.103555e-08 4.164269e-08
18    9  X0.1 1.522292e-10 0.000000e+00

一切看起来都很好，当我绘制热图时输出是正确的，到目前为止一切都很好

ggplot(A2, aes(Var2, Var1)) + geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") + scale_fill_gradient(low = "light blue", high = "dark blue")

Heat_map1

当我添加自定义标签时出现问题，其中y轴从1到9（显示杂合子个体的数量），x轴从0.05到0.5（显示次要等位基因频率）

x = [0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50]
y = [1 2 3 4 5 6 7 8 9]

ggplot(A4, aes(Var2, Var1)) + geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") + scale_fill_gradient(low = "light blue", high = "dark blue") + scale_x_discrete(labels= x, expression("Minor allele frequency")) + scale_y_discrete(labels= y, expression("Number of Heterozygotes"))

然而，这次y轴全部搞砸了

Heat_map2

在我看来，ggplot自动假设一个10X10矩阵并尝试添加缺少的标签 . 我试图在reshape中找到一个选项，我可以在其中声明矩阵的形状，但是我无法找到解决方案 . 有没有人遇到过这个问题 . 任何帮助将非常感谢，提前感谢

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这是一种方法 . 您可以使用 scale_x_discrete 更改刻度线标签 . 至于y，我将Var1转换为因子 .

ggplot(mydf, aes(x = Var2, y = as.factor(Var1), fill = rescale)) +
geom_tile(color = "white") +
scale_fill_gradient(low = "light blue", high = "dark blue") +
scale_x_discrete(breaks=c("X0.05", "X0.1"), labels=c("0.05", "0.1")) +
xlab("Minor allele frequency") +
ylab("Number of Heterozygotes")

enter image description here

回复于 2024-05-16T01:54:48+08:00

ggplot2期望方阵，即使矩阵不对称

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