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在绘图热图中使用离散自定义颜色
我正在尝试生成 plotly heatmap ，我希望颜色由离散比例指定 . 这就是我的意思： 使用2个集群生成数据并对其进行分层聚类： require(permute) set.seed(1) mat <- rbind(cbind(matrix(rnorm(2500,2,1),nrow=25,ncol=500),matrix(rnorm(2500,-2,1),nrow=25,ncol=... -
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自定义曲线轴刻度
这是this post的一个相关问题： 我有基因表达数据，我想在图中生成热图 . 数据： require(permute) set.seed(1) mat <- rbind(cbind(matrix(rnorm(2500,2,1),nrow=25,ncol=500),matrix(rnorm(2500,-2,1),nrow=25,ncol=500)), cbind(... -
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热图中x轴上的对角线标注方向
在R中创建热图已成为许多帖子，讨论和迭代的主题 . 我的主要问题是将格式 levelplot() 或基本图形 image() 中可用解决方案的视觉灵活性与基本的 heatmap() ，pheatmap的 pheatmap() 或gplots' heatmap.2() 的轻松聚类相结合是棘手的 . 这是我想要改变的一个小细节 - x轴上标签的对角线方向 . 让我告诉你我在代码中的观点 . #exa... -
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如何在R中使用“ComplexHeatmap”包在行注释中添加ID变量？
我创建了一个基本的热图，其中列对应于时间点，每行代表一个人 . 在我的数据集中，我有一个ID变量，我希望它显示在行注释中，以便我可以清楚地看到热图中哪些行与哪个行相对应 . 看看下面的图片 . 我只想在树形图和热图之间的左边显示个别ID . 到目前为止，我已经使用我的CSV文件创建了一个矩阵 mymatrix<-as.matrix(mydata[ ,c(2:9)] 并运行热图功能，同时强制... -
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Heatmap.2：在左/上添加行/列标签，无需硬编码坐标
我正在尝试使用heatmap.2重新创建热图，类似于(1)： 我可以在底栏和右栏标签上添加“A C G T”标签 . 我正在尝试将“组”名称添加到顶部和左侧轴（“1012T3”等和“G> A”等） . 我已经尝试通过 add.expr 函数执行此操作，但这会将文本覆盖在热图上方，并在我尝试将其移动到热图的左侧时消失 . 我已经能够通过硬编码这样的坐标来添加它(2)： pos1 <- ... -
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如何在Heatmap中添加行标签（注释）
我有以下脚本用于在Rstudio中使用Heatmap创建热图 . 一切看起来不错，着色，树形图大小和位置，字体大小，列注释（标签），但我似乎无法添加行标签 . 我的数据文件是制表符分隔的文本文件，带有 Headers 行（Heatmap中的列名）， and the 1st column has the sample names (I want those to show as row labels... -
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用R表示含有1和0的矩阵的热图
下面是我的示例数据，基本上是一个矩阵，其中行名称为人名，每个行都有一些列 . 我在数据中只有零和一个 . 我想用热图来形象化它 . （红色表示0秒，绿色表示1秒或任何其他颜色编码） . 我如何使用R完成此操作？你可以使用任何只有1和0（二进制值）的示例数据集向我展示 . -
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为plotly热图自定义悬停文本
我有 matrix （来自几个条件的基因表达）： set.seed(1) mat <- matrix(rnorm(50*10),nrow=50,ncol=10,dimnames=list(paste("C",1:50,sep="."),paste("G",1:10,sep="."))) 我希望在 R 中使用 p... -
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Plotly热图列的顺序[重复]
这个问题在这里已有答案： R Plotly: Cannot re-arrange x-axis when axis type is category 1回答 可能很简单： 我有一个NA的数字矩阵： mat <- matrix(c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,19.24,NA,NA,NA,NA,17.67,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,17... -
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动态热图使用plotly
我在剧情中创建了一个简单的热图 . 以下是代码： 输入数据 var zValues = [ [0.10, 0.30, 0.15, 0.25, 0.40], [0.20, 0.00, 0.75, 0.75, 0.00], [0.75, 0.75, 0.15, 0.65, 0.20], [0.50, 0.40, 0.00, 0.05, 0.10] ]; var data = [{ ... -
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在情节上平滑热图
我想用plotly创建一个概率密度矩阵的热图 . import numpy as np from plotly.offline import download_plotlyjs, init_notebook_mode, plot import plotly.graph_objs as go probability_matrix = np.loadtxt("/path/to/file&q... -
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使用R / Plotly更改热图的y轴刻度值
我有以下R代码： library(plotly) A <- matrix(seq(1, 12), nrow = 4, ncol = 3) p <- plot_ly(z = t(A), type = "heatmap", colorscale = "Greys") p 如何更改绘图以仅查看y轴上的值0,1和2，而不是-0.5,0.5,1.5... -
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用曲线改变刻度之间的步骤
我有以下代码 library(plotly) A <- matrix(seq(1, 20), nrow = 4, ncol = 5) p <- plot_ly(z = t(A), type = "heatmap", colorscale = "Greys") p 无论如何要改变y轴上的刻度之间的步骤，只显示偶数（0,2,4）？ -
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在ggplot2中可以使用“大小点样式”的热图吗？
是否可以在ggplot2中绘制圆圈而不是方形的热图？不仅可以通过颜色渐变来表示值，还可以通过圆形大小来表示 . 我正在考虑像这样的图dot heatmap，其中圆的大小也按其特定值交替 . 我已经读过自己使用ggplot2进行热映射但无法找到解决方案 . 为了进行热映射，我将在learnr.wordpress.com上发布的示例替换为： library(ggplot2) library(plyr... -
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如何解释从heatmap.2生成的热图键和直方图？
亲爱的stackoverflow社区，我已经从以下R代码生成了随机矩阵的热图 . 我无法解释绘图左上角的颜色键和直方图 . library("gplots") library("RColorBrewer") m<-matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20) colors <- colorRampPalette( rev... -
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R中的热图，其中细胞面积与观察成比例
我想在R中生成热图，其中单元格区域和颜色由两列控制 . 例如，在下面的数据中，我希望每个单元格的面积与“计数”列成比例，颜色由“度量”列控制，并在每个单元格上放置“等级”标签 . 我怎么能在R中这样做？ Event measure rank Count A 20 1 2000 B 15 2 1870 ... -
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袖扣：如何在Jupyter / ipython Notebook中使用Cufflinks绘制热图？
我看过Cufflinks examples . 唯一的子图示例是从具有 subplots=True 参数和可选 shape 参数的单个DataFrame生成的（即 df.iplot(..., subplots=True, shape=(...), ...) . 据我所知，其机制是当提供 subplots=True 时，DataFrame的每一列都被绘制为子图 . 现在，关于袖扣的热图 . 同一链... -
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如何在seaborn heatmap子图中保持颜色条宽度一致
我试图在具有不同子图的单个图上绘制两个具有相同x轴的热图，每个图的比例都不同，因此它们需要不同的颜色条 . 每个热图也沿y轴有不同数量的观测值，见下图： import numpy as np import seaborn as sns arr1 = np.random.rand(10, 10)*100 arr2 = np.random.rand(2, 10) fig, axes = plt.s... -
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如何通过特定标签增加热图的区别
我有这样的数据 df<- structure(c(1804L, 147L, 2982L, 263L, 1420L, 2225L, 905L, 1654L, 2018L, 0L, 1L, 1649L, 53L, 1388L, 830L, 0L, 217L, 85L, 831L, 15499L, 37394L, 568L, 216L, 498L, 78L, 696L, 1831L, 1098... -
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保存为pdf时，删除将seaborn heatmap中的单元格分隔开的行
我想删除在保存的pdf中分隔单元格的行 . 我尝试设置linewidth = 0.0，但线条仍在显示 . import pandas as pd import numpy as np import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt data = pd.DataFrame(np.arange(10*10).reshape(10,10)) ... -
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在matplotlib中制作log2缩放热图
我想在matplotlib中绘制折叠变化的热图，其中颜色以log2比例绘制，并自定义颜色条中显示的刻度 . 我尝试了以下方法： import matplotlib.pylab as plt import numpy as np import matplotlib.colors from matplotlib.colors import SymLogNorm, LogNorm mat1 = np.... -
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重叠yticklabels：是否可以控制seaborn中热图的单元尺寸？
我有一个包含大约200个观测值的数据集，我想将其绘制为热图 . 每个观察都有一个与之关联的字符串，我想显示它 . 我的问题是我无法读取这些标签，因为它们相互重叠 . 因此，我的问题是，是否可以某种方式将热图的单元格大小设置为 yticklabel 的字体大小，或者是否有任何其他解决方法 . 在下面的示例中，我使用随机数据进行说明： import seaborn as sns import nump... -
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使用python和seaborn从数据帧生成热图
我是Python的新手，也是seaborn的新手 . 我有一个名为df的pandas数据框，如下所示： TIMESTAMP ACT_TIME_AERATEUR_1_F1 ACT_TIME_AERATEUR_1_F2 ACT_TIME_AERATEUR_1_F3 ACT_TIME_AERATEUR_1_F4 ACT_TIME_AERATEUR_1_F5 ACT_TIME_AERATEUR_1_F6 ... -
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使用seaborn使热图的大小更大
我用seaborn创建了一个热图 df1.index = pd.to_datetime(df1.index) df1 = df1.set_index('TIMESTAMP') df1 = df1.resample('30min').mean() ax = sns.heatmap(df1.iloc[:, 1:6:], annot=True, linewidths=.5) 但问题是，当数据帧中有大量... -
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如何使用Matplotlib为每个单元格制作具有特定像素大小的热图？
我可以轻松地使用我的热图 data = np.random.rand(4,4) fig, ax = plt.subplots() heatmap = ax.pcolor(data, cmap=plt.cm.Blues) plt.show() 然而，你可以看到每个单元格是矩形的，我希望每个单元格都是正方形（32 x 32像素），生成512 x 512像素的图像 . 有没有办法强制绘图（或每个单独... -
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Seaborn热图减少了细胞大小
有没有办法改变Seaborn热图的细胞大小？我找到this但是我无法按预期工作 . 所以，我在y轴标签上有很长的文字 . 由于所有文本都被删除了，我想将热图的单元尺寸缩小得更小 . 我不需要那个大矩形 . （仅举例说明 . ） （我隐藏了标签名称 . ） 当我改变数字大小时， plt.figure(figsize=(8, 6)) or figure.set_size_inches(12, 12... -
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Seaborn热图改变了colorbar的大小
使用以下代码，我将一个seaborn热图与一个颜色条一起绘制 . 我想将colorbar的大小设置为等于heatmap的大小 . 我怎样才能做到这一点？ 我试图使用 fig.colorbar(heatmap) 来修改颜色栏，但这会返回错误： AttributeError: 'AxesSubplot' object has no attribute 'autoscale_None' 码： fig,... -
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如何在Seaborn热图中增加注释的单元格大小
我想用 min=0 和 max=15075 （共享here）绘制 66x66 混淆矩阵 . 因为我想注释细胞，我使用的是 annot=True . 但即使尝试了其他堆栈溢出帖子（如this，this和this）中建议的方法，我似乎也无法适应单元格中的值 . 这是我目前的代码： from sklearn.metrics import confusion_matrix conf_mat = conf... -
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微调pcolor（）极坐标图
我有一个属于径向和方位角坐标的64x360矩阵值 . 我想用两个图来形象化它们：笛卡儿和极地情节 . 我使用imshow（）在笛卡尔坐标中可视化热图： import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt P=np.loadtxt('Pdata.csv') print np.shape(P) plt.imshow(P) plt.xlabel('ra... -
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使用散点图数据在MatPlotLib中生成热图
我有一组X，Y数据点（大约10k），很容易绘制为散点图，但我想表示为热图 . 我查看了MatPlotLib中的示例，他们似乎都已经开始使用热图单元格值来生成图像 . 有没有一种方法可以将一堆x，y，所有不同的，转换为热图（其中x，y频率较高的区域会变得“温暖”）？