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在扭矩pbs中找不到睡眠命令但在壳中工作

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我们创建一个扭矩pbs文件“ testpbs ”如下：

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

sleep  20

然后提交文件testbps .

qsub testpbs

我们收到错误消息：

更多testpbs.sh.err /var/spool/torque/mom_priv/jobs/8.centos64.SC:line 9：sleep：command not found

但是，我们在命令行中运行 sleep 20 . 没有错误发生 .

$ sleep 20

提前致谢 .

我们在shell中运行 echo $PATH 并得到以下内容：

echo $ PATH /usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin ：/ usr / sbin目录：在/ usr / bin中：在/ usr / X11R6 / bin中：/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin：/data/software/cufflinks-2.0 . 2.Linux_x86_64：/home/amin/bin/blast-2.2.19：/根/斌：/家庭/阿明/箱

我们使用 qstat -f jobid 来查看此作业的详细信息 .

PBS_O_LOGNAME = amin，PBS_O_PATH = /usr/lib64/qt-3.3/bin：/ usr / local / sbin：/ usr / local / bin：/ sbin：/ bin：/ usr / sbin：/ usr / bin：/ sbin ：/ bin：/ usr / sbin：/ usr / bin：/ usr / X11R6 / bin：/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin：/ data / software / cufflinks -2.0.2.Linux_x86_64：/home/amin/bin/blast-2.2.19：/ root / bin：/ home / aimin / bin，PBS_O_MAIL = / var / spool / mail / root，PBS_O_SHELL = / bin / bash， PBS_O_LANG = en_US.UTF-8，PBS_O_WORKDIR = / data / software / torque-4.2.6.1，PBS_O_HOST = centos64，PBS_O_SERVER = centos64

Thank larsks's great help. The following works:

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

export PATH=$PBS_O_PATH
sleep  20
shell pbs torque

1 回答

  • 2

    尝试将 sleep 替换为命令的完整路径（可能是 /usr/bin/sleep ），看看是否会改变行为 . 如果是，那么你的脚本在Torque下运行时，只有一个不同的（或空的） $PATH 变量 .

    您可以（a）继续使用显式路径，或（b）在脚本中显式设置 $PATH ，例如：

    PATH=/bin:/usr/bin:/usr/local/bin
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