我'm encontering a strange error: I' ve在Ubuntu 16.04机器上创建了一个CSV文件（~450Mb），其中R版本为3.2.3，内存为4Gb . 每次我尝试在具有8Gb和更新版本的Ubuntu / R（Ubuntu 16.10，R版本3.3.1（64位）或Ubuntu 17.04，R版本3.3.2（64位））的机器上读取.sv（）此文件，它失败了： Error: memory exhausted (limit reached?) 或 Error: cannot allocate vector of size 1.3 Mb （当我在运行R之前大幅增加ulimit -s） .
该文件在这里：https://mega.nz/#!ZMs0TSRJ!47DCZCnE6_FnICUp8MVS2R9eY_GdVIyGZ5O9TiejHfc
$ ls -ahl trainWhole.csv
-rw------- 1 gyu gyu 462M Mar 14 10:11 trainWhole.csv
$ R --version
R version 3.3.2 (2016-10-31) -- "Sincere Pumpkin Patch"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
$ R --no-save --no-restore-data --quiet
11:00:38 R > sessionInfo()
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu Zesty Zapus (development branch)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices datasets utils methods base
11:19:01 R > df <- read.csv("./trainWhole.csv")
Error: memory exhausted (limit reached?)
我试过修改我的系统限制，没有运气：
$ ulimit -s 819200
$ R --no-save --no-restore-data --quiet
11:00:59 R > df <- read.csv("./trainWhole.csv")
Error: cannot allocate vector of size 1.3 Mb
我在SO上发现了一些类似的问题，但没有可行的解决方案... Error: cannot allocate vector of size X Mb in R R memory management / cannot allocate vector of size n Mb Error: memory exhausted (limit reached?) (R error) Error: cons memory exhausted (limit reached?)
我首先在R-devel上发布了这个问题，但是他们在这里重定向了我......
我不认为实际上存在内存限制问题，因为文件大约是500MB而且我有8GB的RAM，几乎没有任何分开的FF和R：
$ free
total used free shared buff/cache available
Mem: 8043928 1385776 4808796 95288 1849356 6303680
Swap: 4194300 0 4194300
由于一切都在我的Ubuntu 16.04 / 4GB机器上顺畅运行，我会尝试将我的数据保存为RData文件，我几乎可以肯定它会起作用，但我很乐意有一个解释/解决方案来加载更新版本的R / Ubuntu上的CSV文件...
PS：我刚试过，CSV文件在第一代7“eeePC上加载2GB RAM，运行Kali Linux ...