我已经和包含基因表达数据的大量文件一起工作了一段时间，最近我遇到了在升级到R 3.5.0之后将数据加载到R中的问题 . 使用大约8GB的内存（我的Mac有16GB的RAM）后，如果我尝试读取另一个文件，我会收到以下错误：
Error: vector memory exhausted (limit reached?)
我发现之前的帖子（Error: vector memory exhausted (limit reached?)）建议我尝试将环境变量R_MAX_VSIZE设置为更高的值，所以我尝试了以下内容：
Sys.setenv(R_MAX_VSIZE = 16e9)
但是，我仍然有同样的错误 . 我没有正确设置环境变量吗？有什么我想念的吗？
会话信息：
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.5
Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
locale:[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages: [1] data.table_1.11.4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0 tools_3.5.0
2 回答
R 3.5对内存分配有新的系统限制 . 从发行说明：
你可以覆盖它 . 你冒着过度分配和杀死这个过程的风险，但如果你用R 3.4.4或之前用过的任何东西击中硬墙，那可能就是这样 .
在终端中执行以下操作以创建临时环境变量
R_MAX_VSIZE，其值为32GB（更改为适合）：export R_MAX_VSIZE=32000000000或者，如果您不想打开终端并在每次要启动R会话时运行该终端，则可以将相同的行附加到您的bash配置文件中 . 打开终端并找到您的bash配置文件
open .bash_profile，然后在文本编辑器中添加上面的行 .您仍然需要打开终端并从那里启动R.您可以通过执行
R在终端中运行R，也可以打开GUIopen -n /Applications/R.app.要在R会话中进行此更改，请使用
Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)并检查值使用Sys.getenv('R_MAX_VSIZE')对于那些使用Rstudio的人，我发现设置
Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)仅适用于命令行，并且在使用Rstudio时设置该参数不会阻止此错误：Error: vector memory exhausted (limit reached?)在做了一些阅读之后，我找到了this thread，它澄清了Rstudio的问题，并确定了一个解决方案，如下所示：
第1步：打开终端，
第2步：
第3步：将以下内容保存为
.Renviron的第一行：注意：此限制包括物理和虚拟内存;因此，在具有16Gb物理内存的计算机上设置_MAX_VSIZE = 16Gb可能无法阻止此错误 . 您可能必须使用此参数，具体取决于您的机器的规格