我有一个关于使用距离矩阵进行聚类的问题，但是稀疏 .
是否存在稀疏距离对象格式，该格式不会扩展矩阵并且可以使用稀疏表示？
目前我正在做以下事情
# read sparse matrix
sparse <- readMM('sparse-matrix')
distance <- as.dist(sparse)
稀疏矩阵已经是正确的距离矩阵，对于未连接的条目具有NA .
>sparse
[1,] . . .
[2,] 1 . .
[3,] 1 . .
> as.dist(sparse)
1 2
2 1
3 1 0
但是用as.dist转换它失败了
asMethod（object）中的错误：不允许使用负长度向量
据推测，因为它将矩阵扩展为完整的形式 . 矩阵（NxN）大小为N = 49281这种格式是需要的（dist对象），例如hclust方法
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1 回答
距离矩阵如何稀疏？每两个对象之间有一个距离，因此它实际上是一个非常密集的矩阵 . 但是，三角矩阵足以描述相互距离（如 D = D '） . 这实际上是
dist生成的对象的情况 .如果距离矩阵是稀疏的，因为很多对象是相同的，那么你可能只想在唯一对象上计算距离矩阵 .