我有一个NxM matri,其值介于0到20之间 . 我可以使用Matplotlib和pcolor轻松获得热图 . 现在我想使用scipy应用层次聚类和树形图 . 我想重新排序每个维度(行和列)以显示哪个元素相似(根据聚类结果) . 如果矩阵是方形(NxN),则代码类似于:
clustering = linkage(matrix, method="average")
dendrogram(clustering, orientation='right')
当尺寸不同时,如何获得连杆矩阵?我是否必须手动计算每对元素之间的每个距离?
1 回答
我不确定如何使用Matplotlib和pcolor,但是seaborn软件包本身支持你想要完成的任务 .
http://seaborn.pydata.org/generated/seaborn.clustermap.html
例:
Example clustergram