也许我错过了一些东西,但如果下面的代码是我的Rmd文件的内容
```{r}
library(reticulate)
use_virtualenv("r-reticulate")
py_available(TRUE)
a = 7
print(a)
py$a
当我编织文件时,最后一个块的输出是7(如预期的那样) . 另一方面,单击Rstudio中的“全部运行”按钮(或逐个运行块),最后一个块的结果为 `NULL` .
与[R notebook example](https://rstudio.github.io/reticulate/articles/rstudio_ide.html)相比,似乎在python块中为 `flights` 指定了一些内容应该使 `py$flights` 可用于R,但事实并非如此 .
问题:
- 有没有办法从R访问一个先前运行过的Python块中创建的变量(不是编织)?如何"export"到R在python块中创建的变量?
- 什么是一个很好的参考,以了解当我点击Rmarkdown文件的python块中的运行按钮时会发生什么?
**EDIT** :好的,看到这里的第一个答案后,我确实更新了knitr和rmarkdown到最新版本,但仍然遇到了同样的问题 . 我将 `py_available(TRUE)` 添加到我的文件中以确保它已被初始化,但是,当编织时,最后一个块会导致 `7` ,但是逐个运行块会导致
```java
> py$a
Error in py_get_attr_impl(x, name, silent) :
AttributeError: 'module' object has no attribute 'a'
问题是:在python块中为 a
赋值并没有对R环境中的 py$a
做任何事情 . 也许R和python之间的这个"shared"环境不是这个包应该如何工作的?另外,还有一些额外的信息
> py_config()
python: /usr/bin/python
libpython: /usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu/libpython2.7.so
pythonhome: /usr:/usr
version: 2.7.14 (default, Sep 23 2017, 22:06:14) [GCC 7.2.0]
numpy: /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy
numpy_version: 1.12.1
python versions found:
/usr/bin/python
/usr/bin/python3
2 回答
Rmarkdown / knitr:
运行块:
到目前为止,不支持在不编织文档的情况下运行块 . 见这里:https://github.com/yihui/knitr/issues/1440或Reticulate not sharing state between R/Python cells or Python/Python cells in RMarkdown .
编辑:Freguglia的解决方法:
“解决方法是将python块转换为R块,并将整个内容包装在py_run_string()函数中,因此无论您在该段代码中分配的是什么,都可以通过py $ variable_name从R中访问 . ”
编织文件:
一种方法是按照上面的建议升级
knitr
,但你没有必要,而且你也不需要每日构建RStudio .如果你有1.18之前的knitr版本,你可以包括:
{r setup, include = FALSE} knitr::knit_engines$set(python = reticulate::eng_python)
,见这里:https://rstudio.github.io/reticulate/articles/r_markdown.html#engine-setup .Python:
如果它不起作用,请确保python连接在rmarmdown / knitr之外运行:
py_run_string("x = 10"); py$x
.如果也不起作用,您应该检查:
py_available()
和py_numpy_available()
.如果它返回
FALSE
:尝试使用以下命令对其进行初始化:py_available(TRUE)
.如果这仍然是 - 请检查您的配置:
py_config()
它将为您提供有关该问题的进一步提示:
我的例子是:R和python的不同位版本(32对64)或者不知何故我遇到了安装Python2.7和单独的Anaconda的麻烦 .
您必须使用Rstudio每日构建(source)并将
knitr
,rmarkdown
升级到最新版本 .