我想使用perl在序列文件中找到模糊匹配，并返回字符串中的字符编号，在该字符串中找到匹配的给定数量的替换（假设S = 2） . 例如，如果我的输入文件是：
Name1
ACTGTGACCTTT
Name2
ACCTTTACTGTG
Name3
GACCTTTCTGTG
Name4
GCACCTTTTGTG
Name5
GCTACCTTTGTG
Name6
ACTGACCTTTTG
Name7
ACTGTACCTTTG
Name8
ACCTTTACCTTT
Name9
ACTGTGACTGTG
我的搜索查询是“ACCTTT” .
然后我想我的输出是这样的：
Name1
6
Name2
0
Name3
1
Name4
2
Name5
3
Name6
4
Name7
5
Name8
0 6
我试过用String :: Approx做这个，但是这个模块只返回我匹配查询的数组的每个元素的第一个索引 . 此模块似乎也是错误的，即使我将插入和删除的数量设置为0，并允许2次替换，它仍然返回具有多于2个替换的匹配的索引 .
这是我正在使用的代码（如果有什么我不明白这个模块） .
#!/usr/bin/perl -w
use String::Approx 'aindex';
my $input_fasta=$ARGV[0];
open(IN,"<$input_fasta") || die ("Error opening $input_fasta $!");
my $l = 0;
my @names;
my @seqs;
while (<IN>){
if ($l % 2 == 0 ){
push (@names, $_);
}
elsif ($l % 2 ==1) {
push (@seqs, $_);
}
$l++;
}
my @hits = aindex("ACCTTT", ["I0", "D0", "S2"], @seqs);
$hl=0;
foreach (@hits){
if ($_ != -1){
print "$names[$hl]$_\n";
$hl++
}
else {
$hl++;
}
}
但这只会回归：
Name1
6
Name2
0
Name3
1
Name4
1
Name5
1
Name6
0
Name7
5
Name8
0