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使用Unix命令行工具修改FASTA标头

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我再次陷入修改文本的困境 . 我想改变大文本文件，如：

>hg19_ct_UserTrack_3545_691 range=chr1:8121498-8121502 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
GATGG
>hg19_ct_UserTrack_3545_690 range=chr1:8121587-8121591 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
GATAG

至

>chr1:8121498-8121502 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
GATGG
>chr1:8121587-8121591 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
GATAG

我一直在使用 sed '/^>/s/[^ ]* />/' 删除第一部分（ >hg19_ct_UserTrack_3545_690 ），但我真的不知道如何删除 range= . 我尝试了 // 和 grep 的各种组合，但没有快乐 .

谢谢

unix sed awk grep fasta

2 回答

  • 1

    尝试这些各种shell命令=）

    使用awk：

    awk -F'range=' '/^>/{print ">" $2}' file

    或者sed：

    sed '/^>/s/.*range=(.*)/>\1/' file
    回复于
  • 1

    试试这一行：

    sed 's/[^=>]*=//' file

    测试你的输入：

    kent$  echo ">hg19_ct_UserTrack_3545_691 range=chr1:8121498-8121502 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
GATGG
>hg19_ct_UserTrack_3545_690 range=chr1:8121587-8121591 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
GATAG"|sed 's/[^=>]*=//'
>chr1:8121498-8121502 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
GATGG
>chr1:8121587-8121591 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
GATAG
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