在图上添加回归线方程和R2-Java 学习之路

185

我想知道如何在 ggplot 上添加回归线方程和R ^ 2 . 我的代码是

library(ggplot2)
df <- data.frame(x = c(1:100))
df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
            geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = y ~ x) +
            geom_point()
p

任何帮助将受到高度赞赏 .

5 回答

这是一个解决方案

# GET EQUATION AND R-SQUARED AS STRING
# SOURCE: http://goo.gl/K4yh

lm_eqn <- function(df){
    m <- lm(y ~ x, df);
    eq <- substitute(italic(y) == a + b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2, 
         list(a = format(coef(m)[1], digits = 2), 
              b = format(coef(m)[2], digits = 2), 
             r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
    as.character(as.expression(eq));                 
}

p1 <- p + geom_text(x = 25, y = 300, label = lm_eqn(df), parse = TRUE)

编辑 . 我从我选择此代码的地方找到了源代码 . 这是ggplot2 google群组中原始帖子的link

Output

回复于 2024-05-06T20:04:12+08:00

70
我改变了 stat_smooth 和相关函数的几行来创建一个新函数，它增加了拟合方程和R平方值 . 这也适用于小平面图！
```
library(devtools)
source_gist("524eade46135f6348140")
df = data.frame(x = c(1:100))
df$y = 2 + 5 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
df$class = rep(1:2,50)
ggplot(data = df, aes(x = x, y = y, label=y)) +
  stat_smooth_func(geom="text",method="lm",hjust=0,parse=TRUE) +
  geom_smooth(method="lm",se=FALSE) +
  geom_point() + facet_wrap(~class)
```
我使用@ Ramnath答案中的代码来格式化等式 . stat_smooth_func 函数很难用它来玩 .

https://gist.github.com/kdauria/524eade46135f6348140 . 如果出现错误，请尝试更新 ggplot2 .
回复于 2024-05-06T20:04:12+08:00

192

我在我的包ggpmisc中包含了一个统计数据 stat_poly_eq() ，它允许这个答案：

library(ggplot2)
library(ggpmisc)
df <- data.frame(x = c(1:100))
df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
my.formula <- y ~ x
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
   geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
   stat_poly_eq(formula = my.formula, 
                aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "~~~")), 
                parse = TRUE) +         
   geom_point()
p

enter image description here

此统计数据适用于任何没有缺失项的多项式，并且希望具有足够的灵活性以通常有用 . R ^ 2或经调整的R ^ 2标记可与任何配有lm（）的模型公式一起使用 . 作为一个ggplot统计数据，它的行为与团队和方面一样 .

'ggpmisc'包可以通过CRAN获得 .

版本0.2.6刚刚被CRAN接受 .

它涉及@shabbychef和@ MYaseen208的评论 .

@ MYaseen208这显示了如何添加帽子 .

library(ggplot2)
library(ggpmisc)
df <- data.frame(x = c(1:100))
df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
my.formula <- y ~ x
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
   geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
   stat_poly_eq(formula = my.formula,
                eq.with.lhs = "italic(hat(y))~`=`~",
                aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "~~~")), 
                parse = TRUE) +         
   geom_point()
p

enter image description here

@shabbychef现在可以将方程中的变量与用于轴标签的变量相匹配 . 要用z代替z和y，我会使用：

p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
   geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
   stat_poly_eq(formula = my.formula,
                eq.with.lhs = "italic(h)~`=`~",
                eq.x.rhs = "~italic(z)",
                aes(label = ..eq.label..), 
                parse = TRUE) + 
   labs(x = expression(italic(z)), y = expression(italic(h))) +          
   geom_point()
p

enter image description here

作为这些正常的R解析表达式，希腊字母现在也可以在等式的lhs和rhs中使用 .

[2017-03-08] @elarry编辑以更精确地解决原始问题，显示如何在等式和R2标签之间添加逗号 .

p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
  stat_poly_eq(formula = my.formula,
               eq.with.lhs = "italic(hat(y))~`=`~",
               aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "*plain(\",\")~")), 
               parse = TRUE) +         
  geom_point()
p

enter image description here

回复于 2024-05-06T20:04:12+08:00

我已经将Ramnath的帖子修改为a）使其更通用，因此它接受线性模型作为参数而不是数据框，并且b）更适当地显示负片 .

lm_eqn = function(m) {

  l <- list(a = format(coef(m)[1], digits = 2),
      b = format(abs(coef(m)[2]), digits = 2),
      r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3));

  if (coef(m)[2] >= 0)  {
    eq <- substitute(italic(y) == a + b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2,l)
  } else {
    eq <- substitute(italic(y) == a - b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2,l)    
  }

  as.character(as.expression(eq));                 
}

用法将变为：

p1 = p + geom_text(aes(x = 25, y = 300, label = lm_eqn(lm(y ~ x, df))), parse = TRUE)

回复于 2024-05-06T20:04:12+08:00

真的很喜欢@Ramnath解决方案 . 为了允许使用自定义回归公式（而不是固定为y和x作为文字变量名称），并将p值添加到打印输出中（如@Jerry T评论），这里是mod：

lm_eqn <- function(df, y, x){
    formula = as.formula(sprintf('%s ~ %s', y, x))
    m <- lm(formula, data=df);
    # formating the values into a summary string to print out
    # ~ give some space, but equal size and comma need to be quoted
    eq <- substitute(italic(target) == a + b %.% italic(input)*","~~italic(r)^2~"="~r2*","~~p~"="~italic(pvalue), 
         list(target = y,
              input = x,
              a = format(as.vector(coef(m)[1]), digits = 2), 
              b = format(as.vector(coef(m)[2]), digits = 2), 
             r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3),
             # getting the pvalue is painful
             pvalue = format(summary(m)$coefficients[2,'Pr(>|t|)'], digits=1)
            )
          )
    as.character(as.expression(eq));                 
}

geom_point() +
  ggrepel::geom_text_repel(label=rownames(mtcars)) +
  geom_text(x=3,y=300,label=lm_eqn(mtcars, 'hp','wt'),color='red',parse=T) +
  geom_smooth(method='lm')

enter image description here
不幸的是，这不适用于facet_wrap或facet_grid .

回复于 2024-05-06T20:04:12+08:00

在图上添加回归线方程和R2

5 回答

相关问题