在R包中导入鼠标功能时出错-Java 学习之路

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我想在我的包中包含mice :: mice函数来对我的数据进行插补 .

我使用Roxygen列出进口

#' @param data dataset to be used for imputation
#' @importFrom dplyr select_
#' @importFrom mice mice complete
#' @return A list
#' @export
#' 
impute_data <- function(data, vars, seed)
{
     data_used <- select_(data,vars)
     mice_data <- complete(mice(data_used, seed = seed))
     return(mice_data)
}

当我测试代码时，此函数工作正常，但是当我构建包并尝试使用它时，我收到以下错误

Error in check.method(setup, data) : 
  The following functions were not found: mice.impute.pmm,mice.impute.pmm, mice.impute.pmm, mice.impute.pmm, mice.impute.pmm

我试图在导入中添加错误中提到的所有函数，但它对结果没有任何影响 .

我错过了什么？我从未发现过这样的问题 .

2 回答

0
您忘记处理DESCRIPTION文件了！你只处理impute_data.R .

您的问题非常类似于：What roxygen should I put when I use a function of another package in my function

我在那里给了答案（请在发布任何问题之前搜索类似的问题） . 对于你的情况：

首先，要意识到你的
```
sessionInfo() 
getwd() # your R's working directory
.libPaths() # your R's library location
```
Step0 下载并安装必要的软件包：
```
library(roxygen2)
library(devtools)
library(digest)
```
Step1 将所有相关的".R"文件（yourfunction1.R，yourfunction2.R，yourfunction3.R，impute_data.R）放入R的工作目录 .

Step2 在运行以下命令之前，在R 's working directory: Be sure that there is no folder named 1239071 in your R'的工作目录中创建包骨架 . （来自R的控制台）
```
package.skeleton(name = "yourpackage", code_files = c("yourfunction1.R", "yourfunction2.R", "yourfunction3.R", "impute_data.R"), path = ".")
```
运行 package.skeleton 后，在R的工作目录中创建文件夹yourpackage .

从Windows资源管理器中删除 Read-and-delete-me 文件 .
删除YourR'sWorkingDirectory \ yourpackage \ man文件夹中的"yourpackage-package.Rd"文件
（不要删除YourR'sWorkingDirectory \ yourpackage \ man文件夹中的"yourpackage.Rd"文件！）

Step3 在".R"文件（impute_data.R）的序言末尾，添加以下内容（如果在步骤1中没有这样做）：
```
#' @importFrom mice mice
#' @importFrom mice complete
#' @export
impute_data <- function(...) {...
```
Step4 在包的 DESCRIPTION 文件中，在 Imports 部分中，添加：
```
Imports:
    mice(>= VersionNumber)
```
其中VersionNumber是您正在使用的鼠标包的版本号 . 您可以在RevolutionREnterprise的对象浏览器中右键单击任何函数（来自您的包）找到版本号;并在最终的.html帮助文件的底部 . 在那里，显示了包的版本号 .

在Step2中，package.skeleton自动生成一个NAMESPACE文件，其内容为：
```
exportPattern("^[[:alpha:]]+")
```
不要手动处理此NAMESPACE文件 .

Step5 roxygenize你想创造的包裹（"yourpackage"）
```
library(roxygen2)
roxygenize("yourpackage")
```
在进行漫游时，yourpackage的NAMESPACE文件的内容会自动从 exportPattern("^[[:alpha:]]+") 转换为
```
# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(impute_data)
importFrom(mice,mice)
importFrom(mice,complete)
```
Step6 构建你的包：
（首先，从Windows资源管理器中删除YourR'sWorkingDirectoryFolder \ yourpackage文件夹中的"src-i386"和"src-x64"文件夹（如果有））
（再次确保YourR'sWorkingDirectory \ yourpackage \ man文件夹中没有"yourpackage-package.Rd"文件 . 如果有，请在构建之前删除它）
```
build("yourpackage")
```
Step7 安装包裹：
```
install("yourpackage")
```
Step8 通过加载包并在包中运行一个函数来检查一切顺利 .
```
library(yourpackage)
impute_data(a,b,1235) # "impute_data" is the function in the package "yourpackage"
```
Step9 检查您的包装是否可以装载到CRAN（Comprehensive R Archieve Network）（如果您想共享包裹）：

（首先，从Windows资源管理器中删除YourR'sWorkingDirectoryFolder \ yourpackage文件夹中的"src-i386"和"src-x64"文件夹（如果有））
（再次确保YourR'sWorkingDirectory \ yourpackage \ man文件夹中没有"yourpackage-package.Rd"文件 . 如果有，请在检查前将其删除）

从DOS命令提示符：
开始 - cmd - 输入 . 传递给R 's working directory (your R'的工作目录是通过getwd（）知道的并且做CRAN检查：
```
cd C:\Users\User\Documents\Revolution
R CMD check yourpackage
```
从R的控制台：
```
devtools::check("C:/Users/User/Documents/Revolution/yourpackage")
```
回复于 2024-04-26T19:36:20+08:00
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您好，即使帖子较旧，

最近，我遇到了同样的问题，Erdogan CEVHER和mickkk提出的解决方案对我没有用 . 我通过主动加载鼠标包来解决它，同时加载我自己的包 . 有关更多详细信息，请参阅R-Package-Dependencies .

除了包开发期间所需的步骤之外，我还建议：

Part 1: 将鼠标添加到包的DESCRIPTION文件中的 Depends: （ not Import: ）字段 .
```
Depends: mice (>= VERSIONNUMBER)
```
Part 2: 在NAMESPACE中使用 import(mice) （仅适用于 devtools::check() ）
```
import(mice)
```
Part 3: 例如，使用 mice:: 引用每个函数
```
mice::mice(data, method="pmm")
```
回复于 2024-04-26T19:36:20+08:00

在R包中导入鼠标功能时出错

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