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RPy2导入R源函数会产生错误

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正如 Headers 所说，我有一个使用Rpy2并导入R文件的Python脚本 .

R文件内容（名为r_code.R）：

test_function <- function(A)
{
    A <- as.vector(A)
    return(list(SUM=sum(A)))
}

Python文件内容（名为rpy2_test.py）：

import numpy as np
import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

robjects.r('''source('r_code.R')''')

r_test_function = robjects.globalenv['test_function']

def py_test_function(a):
    mc = r_test_function(a)
    return mc[0]

a = np.array([1,2,3,4,5])
mc = py_test_function(a)
print mc[0]

两个文件都在同一目录中 . 我键入“python rpy2_test.py”，这是我的错误：

readLines中的错误（file，warn = FALSE）：传递给.Internal（readLines）的5个参数需要6个Traceback（最近一次调用最后一个）：文件"rpy2_test.py"，第7行，在robjects.r中（'''source(' r_code.R ')'' '）文件“/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/ init .py”，第246行， call

res = self.eval（p）文件"/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py"，第166行， call

return super（SignatureTranslatedFunction，self） . call （* args，** kwargs）文件"/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py"，第99行， call

res = super（功能，自我） . call （* new_args，** new_kwargs）rpy2.rinterface.RRuntimeError：readLines中的错误（file，warn = FALSE）：

5个参数传递给.Internal（readLines），需要6个

有趣的是，它不久前工作，我没有改变任何东西（至少我认为我没有）在我的系统上 .

Python版本：2.7.3

Numpy版本：1.8.0

Rpy2版本：2.4.4

R版本：3.0.2

Ubuntu：12.04.2

有任何想法吗？谢谢！

python r rpy2

1 回答

  • 0

    好吧，经过几个小时的挫折 .

    我过去编译了自己的R，但是这次编译/安装很好但不会让我构建一些库（然后会在rpy2中抛出错误）所以我卸载/清理/删除/删除了和我一样多的R文件可以 . 如果有较旧的安装，也使用apt-get --purge删除 .

    确保我的apt-get sources.list文件列出了有效的镜像镜像，然后是apt-get update .

    然后apt-get install r-base重新开始了 .

    接下来是一个pip安装rpy2 --upgrade（即使我尝试删除它，不知何故它仍然像鞋子上的狗粪一样挂着，这意味着我无法进行全新安装）

    回到商业 . 对于我的生活，我不知道为什么我的rpy2桥停止工作 .

    对这个问题没什么兴趣，所以我会接受我自己的答案并关闭它 . 也许它将来会帮助别人 .

    @cdeterman：也许是R版......谁知道！ （仍然，1为最好的建议）

    更新：我有预感，也许它可能是ubuntu更新，以某种方式干扰我的源安装 . 我很想知道是否有其他人有过冲突 .

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