首页 文章

R：哪个热图/图像在没有任何树状图的情况下得到行排序图？

提问于
浏览 次
9

哪个包最适合 heatmap/image with sorting on rows only, but don't show any dendrogram or other visual clutter (just a 2D colored grid with automatic named labels on both axes) . 除了基本的数字排序之外，我不需要花哨的聚类 . 数据是一个39x10的数值表，范围（0,0.21）我想要可视化 .

我搜索了SO（参见this）和R网站，并尝试了一些 . 查看R Graphical Manual以查看优秀的可搜索的屏幕截图列表和相应的软件包 .

包的范围令人困惑 - 哪一个是首选的热图（如ggplot2适用于大多数其他绘图）？这是我到目前为止发现的：

base::heatmap 很烦人，即使使用args heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE) 它仍会在行上绘制不需要的树形图 .

现在我要用 pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE) 并手动预先分配我的 table ，就像这个家伙一样：Order of rows in heatmap?

附录：要显示每个单元格内的值，请参阅：display a matrix, including the values, as a heatmap . 我没有做到这一点 .

image r heatmap

2 回答

  • 1

    使用 pheatmap ，您可以使用选项 treeheight_row 和 treeheight_col 并将其设置为0 .

    回复于
  • 6

    只是你没有提到的另一种选择...包 bipartite 因为它就像你说的那么简单

    library(bipartite)
mat<-matrix(c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),byrow=TRUE,nrow=3)
rownames(mat)<-c("a","b","c")
colnames(mat)<-c("a","b","c")
visweb(mat,type="nested")
    回复于

相关问题