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为plotly热图自定义悬停文本

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我有 matrix （来自几个条件的基因表达）：

set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(50*10),nrow=50,ncol=10,dimnames=list(paste("C",1:50,sep="."),paste("G",1:10,sep=".")))

我希望在 R 中使用 plotly 绘制为 heatmap .

require(plotly)
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),colorbar=list(title="Score",len=0.4)) %>%
  layout(yaxis=list(title="Condition"),xaxis=list(title="Gene"))

工作良好 .

但是，我想添加仅在悬停时才会看到的文本 .

我认为这会奏效：

conditions.text <- paste(paste("C",1:50,sep="."),rep(paste(LETTERS[sample(26,10,replace=T)],collapse=""),50),sep=":")
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),colorbar=list(title="Score",len=0.4),hoverinfo='text',text=~conditions.text) %>%
  layout(yaxis=list(title="Condition"),xaxis=list(title="Gene"))

但事实并非如此 . 实际上，当我将鼠标悬停在情节上时，我看不到任何文字 .

请注意，我正在使用 matrix 而不是 melted data.frame .

r hover heatmap plotly

2 回答

  • 3

    您将50x10的数组传递到热图中，但是将50个条目列为hoverinfo . 热图和文本的输入必须具有相同的尺寸 .

    library(plotly)
set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(50*10),nrow=50,ncol=10,dimnames=list(paste("C",1:50,sep="."),paste("G",1:10,sep=".")))

conditions.text <- paste(paste("C",1:50,sep="."),rep(paste(LETTERS[sample(26,10,replace=T)],collapse=""),500),sep=":")
conditions.text <- matrix(unlist(conditions.text), ncol = 10, byrow = TRUE)

plot_ly(z=mat,
        type="heatmap",
        hoverinfo='text',
        text=conditions.text)
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  • 1

    因此，plotly中的 ~ 语法被设计为用作 data = ... 对象的引用，如 data$... . 由于's heat map doesn' t使用了 data 参数，因此在这里不起作用 . 您需要构造一个与 mat 具有相同尺寸的矩阵，以提供给 text = ... 参数 . 有点笨重，但它有很好的情节：

    # make a matrix same dimensions as mat
text.mat <- matrix(conditions.text, nrow(mat), ncol(mat))
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,
                          type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),
                          colorbar=list(title="Score",len=0.4), hoverinfo='text', text=text.mat) %>%
    layout(yaxis=list(title="Condition"),xaxis=list(title="Gene"))
heatmap.plotly

    如果你想为文本构建一个多行hoverinfo，只需在 text.mat 中使用内联 <\br> 标签，并在图中将它们作为html读取并在渲染时创建行返回 .

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