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R plotly热图刻度标签被截止

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尝试使用 R 的 plotly 生成基因表达热图 . 基因名称很长，尺寸很大：

require(permute)
require(plotly)
set.seed(1)
mat <- matrix(shuffle(c(rnorm(5000,2,1),rnorm(5000,-2,1))),nrow=2500,ncol=4)
rownames(mat) <- paste("very_long_gene_name",1:2500,sep=".")
colnames(mat) <- paste("s",1:4,sep=".")

集群：

hc.col <- hclust(dist(t(mat)))
dd.col <- as.dendrogram(hc.col)
col.order <- order.dendrogram(dd.col)
hc.row <- hclust(dist(mat))
dd.row <- as.dendrogram(hc.row)
row.order <- order.dendrogram(dd.row)
mat <- mat[row.order,col.order]

生成绘图并保存html文件：

heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")))
htmlwidgets::saveWidget(heatmap.plotly,"heatmap.plotly.html")

我获得的数字基因名称被截断，我提供了所有数据：
enter image description here

知道如何解决这两个问题吗？

r heatmap plotly

1 回答

  • 2

    增加利润

    m <- list(
  l = 200,
  r = 10,
  b = 50,
  t = 10,
  pad = 2
)
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,type="heatmap",
    colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred"))) %>%
    layout(margin = m)

heatmap.plotly
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