首页 文章

如何为lmer模型结果绘制标准误差的预测值?

提问于
浏览
4

我有四个位置和四个底物的移植实验(取自每个位置) . 我确定了每个位置和基质组合中每个群体的存活率 . 该实验重复三次 .

我创建了一个lmm如下:

Survival.model <- lmer(Survival ~ Location + Substrate + Location:Substrate + (1|Replicate), data=Transplant.Survival,, REML = TRUE)

我想使用predict命令来提取预测,例如:

Survival.pred <- predict(Survival.model)

然后提取标准误差,以便我可以使用预测绘制它们,以生成如下图:

enter image description here

我知道如何使用标准glm(这是我创建示例图的方式),但我不确定我是否能够或应该用lmm做到这一点 .

我可以这样做,还是我作为线性混合模型的新用户缺少一些基本的东西?

我确实在Stack Overflow上发现了这个post,这没什么用 .

根据RHertel的评论,也许我应该提出这样的问题:我如何为我的模型结果绘制模型估计和置信区间,以便我可以获得与上面创建的模型类似的情节?

样本数据:

Transplant.Survival <- structure(list(Location = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("Steninge", "Molle", 
"Kampinge", "Kaseberga"), class = "factor"), Substrate = structure(c(1L, 
1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 
3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 
4L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("Steninge", 
"Molle", "Kampinge", "Kaseberga"), class = "factor"), Replicate = structure(c(1L, 
2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 
2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 
3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L), .Label = c("1", 
"2", "3"), class = "factor"), Survival = c(1, 1, 1, 0.633333333333333, 
0.966666666666667, 0.5, 0.3, 0.233333333333333, 0.433333333333333, 
0.966666666666667, 0.866666666666667, 0.5, 0.6, 0.266666666666667, 
0.733333333333333, 0.6, 0.3, 0.5, 0.3, 0.633333333333333, 0.9, 
0.266666666666667, 0.633333333333333, 0.7, 0.633333333333333, 
0.833333333333333, 0.9, 0.6, 0.166666666666667, 0.333333333333333, 
0.433333333333333, 0.6, 0.9, 0.6, 0.133333333333333, 0.566666666666667, 
0.633333333333333, 0.633333333333333, 0.766666666666667, 0.766666666666667, 
0.0333333333333333, 0.733333333333333, 0.3, 1.03333333333333, 
0.6, 1)), .Names = c("Location", "Substrate", "Replicate", "Survival"
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -46L))

1 回答

  • 7

    编辑:修复了函数/图中的bug .

    如果您想使用CI绘制估计值,您可能需要查看 sjPlot 包中的 sjp.lmer 函数 . 查看各种绘图类型here的一些示例 .

    此外, arm 包提供了计算标准错误的功能( arm::se.fixefarm::se.ranef

    sjp.setTheme("forestgrey") # plot theme
    sjp.lmer(Survival.model, type = "fe")
    

    会给出下面的情节

    enter image description here

相关问题