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在Tensorflow上训练随机森林
我试图在数值和连续数据上训练基于张量流的随机森林回归 . 当我尝试拟合我的估算器时，它会从下面的消息开始： INFO：tensorflow：使用params构建林= INFO：tensorflow：{'num_trees'：10，'max_nodes'：1000，'bagging_fraction'：1.0，'feature_bagging_fraction'：1.0，'num_splits_t... -
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随机效应与lmer的置信区间
我正在使用来自 lme4 包的 lmer 来计算方差分量的置信区间 . 当我适合模型时，会出现警告消息： fit <- lmer(Y~X+Z+X:Z+(X|group),data=sim_data) Warning messages: 1: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkCon... -
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R - 重复测量的模型规范GLMM（lme4）
我在R中正确指定我的纵向模型时遇到了一些麻烦 . 我的分析是在三个时间点评估得分中的性别差异 . 实际上，我想看看性别是否具有更高的分数和/或不同的变化率 . 我知道我试图看看性别之间的截距和/或斜率是否不同，但我不确定如何构建模型/输入什么作为固定或随机效果 . 我的数据的一个小例子： 'data.frame': 108 obs. of 10 variables: $ PNumber :... -
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Cholesky改变了lmer中的残留物
我目前正在使用线性混合模型（LMM），并希望执行一些残差分析 . 由于线性混合模型的残差“是相关的并且不一定具有恒定的方差”，因此它们不足以检查模型所依据的假设（Fitzmaurice等，2011，第266页） . 因此有人建议（Waternaux等人1989）使用Cholesky变换残差代替调查模型假设，参见Houseman等人 . （2004年）和Santos Nobre＆da Motta ... -
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如何用lmer混合模型表示配对观察
我是lmer的新手，我正在尝试生成一个混合模型，我在其中测试以下效果： 组（固定）：2级 治疗（固定）：2级（未刺激和刺激） 组*治疗 关于因变量“结果”，考虑“主体”的随机效应 . 在该实验中，两组中的每个受试者具有一个受刺激的臂和一个未刺激的受试者 . 到目前为止，我提出的模型是 lmer(Outcome ~ Group + Treatment + Group*Treatmen... -
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R：lmer编码所有多次治疗的受试者的（随机）不连续时间
我有一组来自心理实验的数据，其中 subjects 被随机分配到四个 treatment 条件中的一个，并且在六个不同的场合测量它们的 Health 状况 w . 每次测量的确切 day 与受试者略有不同 . 所有受试者的第一次测量时机是第零天 . 我用lmer分析这个： model.a <- lmer(w ~ day * treatment + (day | subject), RE... -
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lme4未能在没有警告的情况下计算随机截距
有一个特殊的问题，给定2个数据集具有相同的精确格式，2个模型指定完全相同的方式不产生相同的随机效果结构 . 数据的设计使得每个有48个独特的主题，每个主题在4个条件下具有单个观察 . 结果变量是'dv'列，预测变量是'cond'列，分组变量是'sub'列 . 第一个模型按预期运行，主题级随机截距，使用coef（模型）检查，而另一个假设所有主体的固定截距 . 尽管事实上两个模型的指定方式相同 . 没... -
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使用lme或lmer指定受试者内和受试者间ANOVA模型作为固定效应
有没有办法指定双向ANOVA，一个受试者内预测因子和一个主体间预测因子使用lme（来自nlme）或lmer（来自lme4）？也许这是一个CrossValidated问题，但我不认为我对随机效应感兴趣，因为我不关心受试者内部的变异，也不关心对个别受试者的预测 . 我对平均受试者感兴趣，因此这应该是受试者内固定效应预测因子（即固定数量的水平）和受试者间固定效应预测因子 . 我不想要一个重复测量方差分析... -
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Stata命令的等效lmer规范
我在混合模型上做一个Uni主题，其中主要统计数据包是Stata . 提供了一个示例来模拟协方差结构，而不适合任何实际的随机效应： mixed y sex age sex#c.age, || subj:, noconstant residuals(unstructured, t(t)) reml 其中 subject 是群集变量， t 是每个主题4个时间点的 y 值 . 输出包括固定效应参数，并且... -
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从lme4模型中删除交互项导致另一个分裂
我将线性混合模型拟合到一些反应时间数据中 . 我预测来自以下变量的log-trasnformed反应时间： 顺序 - 主题之间，两个级别，效果编码 Alpha - 在主题内，六个级别，数字 方向 - 在主题内，两个级别（180/0），效果编码 范式 - 在主题内，两个层次，效果编码 . 我对使用这些固定效果和感兴趣的随机效果结构拟合我的模型没有任何问题： RT.log~命令*... -
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混合效应回归中预测概率的置信区间？
我正在使用单个随机变量（使用glmer）进行混合效应逻辑回归模型，我正在努力寻找一种方法来产生预测概率和相应的95％CI . 我已经能够使用以下类型的代码为固定效果模型执行此操作： Call: glm(formula = survive/trials ~ class, family = binomial(logexp(vespdata$expos)), data = vespdata) ... -
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混合效应模型中的置信区间
library(lme4) fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), data = sleepstudy) 要生成95％CI，我可以使用包 merTools 中的 predictInterval() 函数 . library(merTools) head(predictInterval(fm1, level = 0.95, seed = ... -
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GLMM中的置信区间
我想为响应变量的一些解释变量（称为HUNTED）生成置信区间的值 . 数据大约是3个不同的时间周期 . 但是，当我使用代码：library（MASS）confint（allspecies4）时，我只收到错误消息（见下文） . 有谁知道如何改进我的脚本，以便我可以访问置信区间？ Obs . ：我的数据集太大了，我刚刚添加了它的一部分，这样你就可以理解它的分布情况了 . allspecies4<... -
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混合模型中估计的置信区间
我可以得到这样的混合模型的预测值： mod <- lmer(sales1 ~ price1 + (1|store), oranges) X <- with(oranges, expand.grid(price1=c(30,50,70))) X$pred <- predict(mod, newdata=X, re.form=NA) > X price1 ... -
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标准化响应变量的链接函数和错误结构由混合效应模型中的比例和计数数据组成
这是我的第一个问题，如果我的问题没有按照正确的指导方针被问到，那么我会道歉，但我会尽可能详细 . 我想用果蝇检查不同自交系之间的适应性的间性变异 . 我已经测定了来自每个行的两个性别的10个人的 Health （n = 33个等值线） . 女性 Health 是繁殖力，即单个女性产生的后代的数量和男性 Health ，作为与竞争对手男性（竞争能力）竞争的焦点男性所代表的后代的比例 . 由于两种测量... -
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lme4 - 超出最大功能评估数
我用lme4运行一个简单的GLMM ... model1 <- glmer.nb(S ~ Days*Grazing*Biome + (Days|Site), data=mydata, verbose=T, control=ctrl) ...并从bobyqa："bobyqa -- maximum number of function evaluations exceeded&qu... -
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MICE纵向多级插补模型的随机效应
我试图用纵向设计来估算数据集中的数据 . 有两个预测因子（实验组和时间）和一个结果变量（分数） . 聚类变量是id . 这是玩具数据 set.seed(345) A0 <- rnorm(4,2,.5) B0 <- rnorm(4,2+3,.5) A1 <- rnorm(4,6,.5) B1 <- rnorm(4,6+2,.5) A2 <- rnorm(4,10,.5)... -
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segmented.lme（）对象的函数predict（）
我以前在包lme4中使用glmer（）运行混合模型分析 . 我在包MuMIn中应用函数dredge（）和get.models（）来量化top.models . 然后我在包MuMIn中使用了model.avg（）方法来为函数predict（）创建一个拟合对象 . 最后，我创建了一个名为newdat的newdata对象，即每个预测器的新对象 . 然后我使用 newdatfinal <- pred... -
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错误：（maxstephalfit）当尝试使用用户定义的链接函数运行二项式GLMER时，PIRLS步长减半无法减少pwrssUpdate中的偏差
相对较新的R用户在这里尝试运行GLMER以获得鸟巢成功，其中包含具有二项式响应变量的曝光天数（成功= 1，失败= 0） . 我使用Ben Bolker的代码作为用户定义的链接函数，获得here . 这是完整的代码： NestSuccessExposure<-read.csv("NestSuccessExposure.csv") NestSuccessExposure<... -
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在R lmer中指定多个随机效应（从HLM模型转换）
我试图将HLM7软件中的模型运行“转换”为R lmer语法 . 这来自现在无处不在的“数学成就”数据集 . 结果是数学成绩分数，并且在数据集中有各种学生级预测因子（如少数民族身份，SES，以及学生是否为女性）和各种学校水平预测因子（如天主教与公众） . 我想要拟合的模型中唯一的预测变量是学生级预测变量，它们都是以群组均值为中心来处理虚拟变量（除了：对比度代码更好） . 学生们嵌套在学校里，所以我们... -
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fixed（）vs lmer（）输出用于固定效果因子标签：数字与字符
我注意到，当使用包含因子类型预测变量的 lme4 包中的 lmer 函数指定模型时，指示预测变量级别的后缀是该因子级别的字符串，如下处理的情况： library(afex) data(obk.long) m1 <- lmer(value ~ treatment + (1|id), obk.long) summary(m1) Fixed effects: Estimate... -
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具有重复测量和随机块的混合模型
我试图用R中的随机块和重复测量的线性混合模型复制SAS模型 . 我使用SAS的教授在SAS中为此测试编写了语法 . 我对SAS的了解很差，因此我在R中的尝试 . 我在将重复测量语法合并到我的R模型中时遇到了麻烦 . 请指教 . 我正在研究动物丰度（模式物种）与三年内在27个网格中收集的许多栖息地变量（例如灌木密度，水分，木材）的关联 . 在这三年中，夏季和 Spring 季（季节）收集了丰富的数据... -
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用先前估计的值重新开始混合效应模型估计
我在包 lme4 中使用 lmer() 来估计混合效果模型 . 这很有效，但现在我想在固定数量的迭代中运行估算过程，然后通过指定由上一个估算过程计算的起始值来恢复过程 . 根据 ?lmer 的帮助，这可以通过设置参数： start - 这些是新的起始值，根据帮助，可以从拟合模型中提取插槽 ST 中的值并使用这些值，即使用 x@ST maxiter - 作为 control 的命名参... -
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加速R中的lmer功能
在尝试使用 lme4 包在 R 中改善线性混合效果模型的模型拟合时间时，我想分享一些我的想法 . Dataset Size: 数据集大约包含400,000行和32列 . 遗憾的是，无法分享有关数据性质的信息 . Assumptions and Checks: 假设响应变量来自正态分布 . 在模型拟合过程之前，使用相关表和R中提供的 alias 函数测试变量的共线性和多重共线性 . 连续变量按比例缩... -
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在nlme和lme4中安装相同的模型
数据来自here library(nlme) dat0 <- read.table("aids.dat2",head=T) dat1 <- dat0[dat0$day<=90, ] # use only first 90-day data dat2 <- dat1[!apply(is.na(dat1),1,any),] # remove missi... -
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具有异方差结构的线性混合效应模型用于误差
在眼科学领域的随机临床试验中，我想找到由线性混合效应模型给出的R实现 . log(y_ijk) = b0 + b1_j + b2_k + b3_jk + w_i + e_ijk 其中 y_ijk 是残留抗生素的量， b1_j 是结构的影响（ j=1 如果角膜和 j=2 如果是水样）， b2_k 是治疗的效果（ k=1,2,3 ）， b3 是相互作用， w_i 是随机效应和 e_ijk 是随机误差... -
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R相当于SAS中受试者的随机残差
我可以在SAS中用残差作为随机效应来编码这个问题（我相信这是鱼的r方随机拦截） proc glimmix data=one method=mmpl ; class fish; model increment =age growth_year age*growth_year; random residual / subject=fish ; run; 这是与AR（1... -
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如何在符合SAS的R中运行混合效果逻辑纵向模型？
我的问题是关于进行混合效应和二项式反应的纵向试验 . 我有一个重复测量试验数据来分析：患者接受4种治疗（安慰剂和3种装置） - 每位患者随机接受某种治疗，无需开关 - 并检查三次 . 考试结果是二项式：TRUE / FALSE . 这三个时间点是：第3周，第16周，第24周 . 我现在在想，治疗是更好还是持续 . 我想通过结合混合效应模型来分析治疗组与时间之间的关系 . 我的模型是这样的：考试&l... -
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用于与lmer（）拟合混合效应模型的包装器
我正在尝试在 R 中创建一个包装函数，它将使用 lmer() 将一系列参数（响应，预测变量，最大随机效应，参数）提供给混合效应线性回归模型 . 我遇到的问题是如何使包装函数足够灵活以容纳不同数量的参数 . 我没有看到如何在没有硬编码参数的情况下每次都能做到这一点（x1，x2，x3等） . 当我们考虑包括随机斜率和截距的随机效应的最大随机效应时，这尤其复杂 (slope|intercept) . ... -
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在nlme中提取随机效果设计矩阵
线性混合效应模型传统上以下列方式配制 . Ri = Xi×βZi×biεi其中β表示估计的固定效应，Z表示随机效应 . 因此，X是经典的设计矩阵 . 使用R，我希望能够在使用来自nlme包的lme拟合模型后提取这两个矩阵 . 例如，也可以在nlme包中找到的数据集“Rails”包含在6个随机选择的铁路轨道上的三个单独的超声波传播时间测量值 . 我可以使用截距固定效果和每个轨道的随机效果拟合一个简...