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如果有警告，请不要将p值/系数保存在glmer中

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我正在通过一系列分析运行for循环 . 对于其中一些测试， glmer 会返回一条警告消息（复制如下） . 我想不保存这些网站的p值或参数估计值 . 我想这将是一个带有类似 if no warning, then print beta/p-value to tests 的伪代码的if语句，但我无法弄清楚如何实现它 . 任何建议，将不胜感激！

警告消息：在checkConv（attr（opt，“derivs”）中，选择$ par，ctrl = control $ checkConv，：模型无法收敛于max | grad | = 0.00778865（tol = 0.001，component 1）

for (i in 1:10000) {
  test <- glmer(cbind(mcounts[i,], counts[i,] - mcounts[i,]) ~ pred + (1 |indiv), family = binomial)
  summary(test)$coefficients[2,4] -> tests[i,2]
  summary(test)$coefficients[2,1] -> tests[i,1]
}
r glm lme4

1 回答

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    对于它的 Value ，这些是警告，而不是错误（老派的R人员对这种区别往往很挑剔：我相应地编辑了你的问题，如果你愿意，你可以回滚这些变化） . 您可以按照@ RichardTelford的建议（在上面的评论中），但是如果不是将所有警告升级为错误，则可以获得更高的精度，只升级渐变收敛警告（您还可以选择调整此检查的容差） .

    为了可读性和健壮性，我稍微修改了你的代码（例如，通过名称而不是位置来引用你想要的系数表的组件） .

    gcontrol <- glmerControl(check.conv.grad = .makeCC("error", tol = 2e-3))
 for (i in 1:10000) {
     test <- try(glmer(cbind(mcounts[i,], counts[i,] - mcounts[i,]) ~ 
                pred + (1 |indiv), family = binomial,
                control=gcontrol
                ))
     if (inherits(test,"try-error")) next ## if error skip to next iteration
     cc <- coef(summary(test))
     tests[i,] <- cc["pred",c("Estimate","Pr(>|z|)")]    
}

    确保在开始之前使用 NA 值填充 tests 结构：然后您可以轻松查看哪些测试失败，并将结果仅删除成功测试（例如使用 na.omit(as.data.frame(tests)) ） .

    可能值得一读 ?convergence ：我可能会将不良收敛的容忍度设置得稍高一些（例如0.02） .

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