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从C中的SVS格式文件中提取整个比例图像

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我试图从C中的SVS文件中提取整个比例图像 .

我在the OpenSlide homepage看到了一个解释 . 它说SVS格式是"single-file pyramidal tiled TIFF" .

所以我尝试像提取TIFF图像那样提取整像图像：我从SVS文件中读取所有IFD，但是没有273标记包含指向整个比例图像的地址 .

这就是为什么我现在很困惑，SVS格式在文件中没有整个比例图像？

我从SVS文件中找到了一个未定义的私有标记，其编号为34675.此标记是否适用于整个比例图像？还是有正确的方法来提取它？

image image-processing tiff libtiff

2 回答

  • 1

    您可以读取缩略图图像（这是整个比例图像的含义吗？）作为开放式相关图像 .

    例如，libvips具有由openslide作者编写的方便的openslide绑定：

    $ vipsheader -f slide-associated-images CMU-1.svs
label, macro, thumbnail

    列出SVS文件中的图像 . macro 是默认情况下获得的巨大金字塔， thumbnail 是小概述， label 是幻灯片标签的镜头 .

    得到这样的缩略图：

    $ vips copy CMU-1.svs[associated=thumbnail] x.jpg

    读作JPG图像 .

    在C中，你可以写：

    VImage thumb = VImage::new_from_file("CMU-1.svs", 
    VImage::option()->set("associated", "thumbnail"));
thumb.write_to_file("x.jpg");
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  • 0

    Aperio SVS是一种平铺格式 . 金字塔的所有级别都是平铺图像 . 基础层是第一个TIFF目录 . This page of the LibTiff documentation显示了如何阅读平铺图像 .

    简而言之，您需要查找标签324（ TIFFTAG_TILEOFFSETS ），以及标签322和323（ TIFFTAG_TILEWIDTH ， TIFFTAG_TILELENGTH ） . 我强烈建议您使用LibTiff，不要尝试自己动手 .

    SVS文件中的自定义标记包含元数据，包括以微米为单位的像素的物理大小（SVS不设置分辨率TIFF标记） .

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