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如何迭代地进行qsub工作

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如何迭代qsub工作？

设一个变量i = 2:10，对于每个i，我想运行“tmp.r”并在进入下一个i之前暂停10秒 . 我的脚本名称是test.pbs . 我试过这个：

for i in `seq 1 10`;do;qsub job$i.sub;sleep 10;done

但是这个提交的工作将立即返回..

我想在Cray XE6上运行它 . 我的R代码使用遍历算法，因此迭代提交作业将使其更有效 .

知道怎么用bash或python做这个吗？

谢谢！

python bash qsub

2 回答

  • 0

    从本质上讲，qsub会立即返回作业ID，因此您将无法像您所描述的那样批量提交作业 .

    如果使用扭矩，则可以使用作业数组 . 请参阅此文档

    http://docs.adaptivecomputing.com/torque/help.htm#topics/commands/qsub.htm#-t

    echo sleep 300 | qsub -t 10


[adaptive@mongo-test3 ~]$ qstat
Job id                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
19188[].mongo-test3        STDIN            adaptive               0 R batch

    如果您使用的是Moab等调度程序

    [adaptive@mongo-test3 ~]$ showq

active jobs------------------------
JOBID              USERNAME      STATE PROCS   REMAINING            STARTTIME

19188[10]          adaptive    Running     1    00:59:19  Tue Jul 23 16:40:25

1 active job                1 of 8 processors in use by local jobs (12.50%)
                            1 of 1 nodes active      (100.00%)

eligible jobs----------------------
JOBID              USERNAME      STATE PROCS     WCLIMIT            QUEUETIME


0 eligible jobs

blocked jobs-----------------------
JOBID              USERNAME      STATE PROCS     WCLIMIT            QUEUETIME


0 blocked jobs

Total job:  1
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    我不确定为什么你不能只调用一个脚本，然后一旦运行就会顺序执行作业 .

    但是如果它有帮助，你可以提交作业并给它们条件，只有当另一个作业（在这种情况下是上一个作业）完成时才能执行：

    Torque nested/successive qsub call

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