具有连续彩虹色的热图-Java 学习之路

首先，我必须说我在stackoverflow和其他地方读了很多关于heatmap和ggplot2的线程 . 但我的问题还没有解决 .

我有以下数据集：

Var1   Var2 value
1 -197.5 -197.5     0
2 -192.5 -197.5     0
3 -187.5 -197.5     0
4 -182.5 -197.5     0
5 -177.5 -197.5     0
6 -172.5 -197.5     0
.....

值应该是颜色，右侧的图例会很好 .

library(ggplot2)
ggheatmap <- ggplot(data = dat.plot, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + 
  geom_raster()+
  scale_fill_gradientn(colours=rainbow(100))+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 0))+ 
  coord_fixed()
print(ggheatmap)

结果是：

Plot/Heatmap

我希望有一个“正常”的彩虹刻度，从红色=高，橙色，黄色，绿色，浅蓝色，深蓝色=低，没有给出固定的离散颜色，例如，使用scale_fill_gradient2 . 我想知道为什么“彩虹”以红色开头=高端以及其他一些红色......

另一个问题：我如何添加一些东西来“平滑”热图，以便人们看不到任何地方的“边缘”？

3 回答

简短的回答：函数 rainbow() 在您通过 100 时会疯狂，因为您要求 100 不同的颜色 .

你应该怎么做：将 n 传递给 rainbow() ，了解你想要的颜色数量 . 如果你想从蓝色变为红色，那么你还需要用函数 rev() 包装它 .

library(egg)
library(ggplot2)
library(reshape2)

# Heatmap number of rows/columns
Nvalue <- 1e2
# n for colors passed to function rainbow
nColor <- c(1:10, seq(20, 100, 20))
# dummy data
df <- melt(matrix(rnorm(N^2), N))

plotList <- list()
for(i in seq_along(nColor)) {
    plotList[[i]] <- ggplot(df, aes(Var1, Var2, fill = value)) + 
        geom_raster() +
        scale_fill_gradientn(colours = rev(rainbow(nColor[i]))) +
        labs(title = paste0("rainbow(", nColor[i], ")"),
             x = NULL,
             y = NULL,
             fill = NULL) +
        theme_void()
}

ggarrange(plots = plotList)

enter image description here

编辑：

在OP指定颜色后，他想要传递十六进制矢量应该工作：

hex <- c("#FF0000", "#FFA500", "#FFFF00", "#008000", "#9999ff", "#000066")
ggplot(df, aes(Var1, Var2, fill = value)) + 
        geom_raster() +
        scale_fill_gradientn(colours = rev(hex)) +
        labs(x = NULL,
             y = NULL,
             fill = NULL) +
        theme_void()

enter image description here

回复于 2024-05-09T16:57:09+08:00

ggheatmap <- ggplot(data = dat.plot, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + 
  geom_raster(interpolate=TRUE)+
  scale_fill_gradientn(colors=rev(c("darkred", "red", "orange", "yellow",    "green", "lightgreen", "lightblue", "darkblue")))+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 0))+ 
  coord_fixed()
print(ggheatmap)

现在看起来很模糊 . 但是没问题 . 如果你认为它不能做得更好，我就让它原样 . 非常感谢你！

回复于 2024-05-09T16:57:09+08:00

在“旧忠实”数据中最好地说明了用复杂色标内插颜色的问题 .

如果使用用户定义的“彩虹”色标，插值将不会那么好（即使结果看起来仍然很好） .

没有插值

library(ggplot2)
cols <- rev(rainbow(7)[-7])

ggplot(faithfuld, aes(waiting, eruptions)) +
  geom_raster(aes(fill = density), interpolate = FALSE) +
  scale_fill_gradientn(colours = cols)

Without interpolation

用插值

ggplot(faithfuld, aes(waiting, eruptions)) +
  geom_raster(aes(fill = density), interpolate = TRUE) +
  scale_fill_gradientn(colours = cols)

With interpolation

使用插值和不太复杂的调色板

ggplot(faithfuld, aes(waiting, eruptions)) +
  geom_raster(aes(fill = density), interpolate = TRUE) +
  scale_fill_gradientn(colours = c("steelblue", "tomato"))

Two color palette

回复于 2024-05-09T16:57:09+08:00

具有连续彩虹色的热图

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