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fasta文件 Headers 行到列中

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我有一个包含序列 Headers 及其相应序列的fasta文件，如下所示：

>ID101_hg19
ATGGGTGTATCGTACCC
>ID102_hg19
AGCTTTAGCGGGGTACA

我想将 Headers 行更改为序列旁边的另一个制表符分隔列 . 这是所需的输出：

>ID101_hg19    ATGGGTGTATCGTACCC
>ID102_hg19    AGCTTTAGCGGGGTACA

关于如何完成这项任务的任何想法？

python unix awk sed

3 回答

  • 1

    使用Sed，你可以这样做：

    sed 'N;s/\n/\t/' file.txt

    使用awk，您可以执行以下操作：

    awk '{getline a; printf("%s\t%s", $0, a);}' file.txt
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  • 1

    略微纠正了SMA的答案......

    awk'{getline a; printf（“％s \ t％s \ n”，$ 0，a）;}'file.txt

    添加换行符

    回复于
  • 0

    通常，FASTA文件中的每个 Headers 行后面都可以跟有多行数据，因此可能需要处理这种情况 . 如果目标是将所有连续数据行串在一起，那么以下内容将完成工作：

    awk '/^>/ {if (prev) {print prev;}; prev=$0 "\t"; next}
     {prev=prev $0;} 
     END {print prev}'

    另一方面，如果 Headers 只附加到一行数据，那么假设$'...'语法可用，则使用的sed命令为：

    sed $'/^>/ {N;s/\\n/\t/;}'
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