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Heatmap.2：在左/上添加行/列标签，无需硬编码坐标
我正在尝试使用heatmap.2重新创建热图，类似于(1)： 我可以在底栏和右栏标签上添加“A C G T”标签 . 我正在尝试将“组”名称添加到顶部和左侧轴（“1012T3”等和“G> A”等） . 我已经尝试通过 add.expr 函数执行此操作，但这会将文本覆盖在热图上方，并在我尝试将其移动到热图的左侧时消失 . 我已经能够通过硬编码这样的坐标来添加它(2)： pos1 <- ... -
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在ubuntu 14.04中链接boost文件系统和boost iostream库
我下载了boost 1.61并将其解压缩到/ usr / local / boost_1_61_0，安装时我将前缀路径设置为/ usr / local /，其中安装了所有的boost库 . 我正在尝试安装用于DNA数据压缩的FRESCO工具，该工具是使用Boost c库构建的（从https://github.com/hubsw/FRESCO下载） . 他们已经提供了make实用程序来安装FRESC... -
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用于Python中GENE预测的隐马尔可夫模型的实现
我正在研究我的大学项目，我需要在隐马尔可夫模型的帮助下找出DNA中的基因 . 我试图使用hmm-learn实现算法，每次我都失败了 . 你能告诉我如何在python中使用Hmm的代码实现来预测DNA中的基因 . 如何训练模型以及如何找到基因 . （教程也会有所帮助） 目前我正致力于炭疽杆菌str DNA数据集 . 这是数据集的链接 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc... -
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如何订购多个Fasta对齐文件
我确信这是一件容易做的事，但我的生物信息学经验非常有限 . 我有许多-100,000-FASTA文件，其中包含相同12种不同基因的比对 . 每个文件看起来像这样： >dmel ACTTTTGATACAATTAAC >dsim AATCCCAGACAAATTAAG >dsec AGTTTTGCAATGGTAAAT >dere TGGAATATTAGACGAATT ... ... -
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找到DNA序列中所有重复的4聚体 - Perl
你好， 我尝试编写一个程序，读取包含多个DNA序列的FASTA格式文件，识别序列中所有重复的4聚体（即，多次出现的所有4聚体），并打印出重复的4聚体以及查找它的序列的 Headers . k聚体仅仅是k个核苷酸的序列（例如，“aaca”，“gacg”和“tttt”是4聚体） . 这是我的代码： use strict; use warnings; my $count = -1; my $fil...