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    当运行在命令行上调用stan()的R脚本时,如何从rstan R软件包的stan()函数捕获警告消息?

    在R脚本 Fit12_for_stack.R 中,我调用了 rstan package的 stan() 函数 . 当我在交互式R会话中运行 Fit12_for_stack.R 代码时,我从 stan() 收到以下警告消息: 警告信息:1:预热后有13个不同的转换 . 将adapt_delta提高到0.8以上可能有所帮助 . 2:检查pair()图以诊断采样问题 当我使用命令在命令行上运行脚...
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    向斯坦提供种子不保证相同的链

    我试图比较两个非常相同但略有不同的模型的运行时间 . 但是根据采样的随机数,链条总是会占用非常不同的时间 . 所以我试着解决这个问题,为 stan() 提供相同的 seed 参数 . 我试过两次运行相同的模型 . 不幸的是,我发现即使是相同的种子也不能保证这个过程会产生相同的样品!两条链中的链条运行时间也非常不同! 100 iterations, 50 warmup, 15 chains 1st...
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    混合帕累托和普通斯坦模型不起作用

    我正试图通过rstan学习斯坦(因为我熟悉R) . 我试过运行一个简单的混合Pareto和Normal模型 . 编译很好(据我所知),但它没有采样,给我错误: “尝试100次后,( - 2,2)之间的初始化失败 . 请尝试指定初始值,减少约束值的范围或重新参数化模型 . 调用采样器时发生错误;未完成抽样“ 我只想说我已经尝试了各种方法来参数化,并尝试设置初始值,但都无济于事 . 我的Rrstan...
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    Stan代码适用于Windows,但不适用于Linux

    当我在Windows上使用rstan时,我有以下Stan代码可以正常工作 . 但是,当在具有Linux(CentOS 6)的集群上运行时,它会抛出一个非常长的错误,包括~500行,我猜,Rcpp代码,最后一个块如下: compileCode中的错误(f,代码,语言=语言,详细=详细):编译错误,未创建的函数/方法!在/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/...
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    RStan中简单网络潜在空间模型的无限梯度

    我正在尝试在RStan中使用潜在空间模型,这是一种完善的(社交)网络模型 . (这意味着这可能是CrossValidated的一个问题,但我有理由相信它不是,但是 . )我知道包可用,但我正在努力构建没有包实现的东西,并且首先要确保我可以制作一个包可验证的模型工作 . 为了快速直观,LSM采用网络,并尝试为节点找到布局,使得近端节点具有边缘,而远距离节点则不具有边缘 . 节点的位置是潜在变量,模...
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    当从二项式随机变量建模值时,Stan / RStan中if()条件的问题

    我正在尝试使用Stan和R来拟合一个模型,呃,模拟观察到的实现y_i = 16,9,10,13,19,20,18,17,35,55,它们来自二项式分布随机变量,比方说,Y_i,参数m_i(试验次数)和p_i(每次试验中的成功概率) . yi = c(16, 9, 10, 13, 19, 20, 18, 17, 35, 55) 出于本实验的目的,我将假设所有m_i都是固定的并由m_i = 74,9...

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