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如何解释从heatmap.2生成的热图键和直方图？

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亲爱的stackoverflow社区，我已经从以下R代码生成了随机矩阵的热图 . 我无法解释绘图左上角的颜色键和直方图 .

library("gplots")
library("RColorBrewer")
m<-matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20)
colors <- colorRampPalette( rev(brewer.pal(11, "RdYlGn")) )(255)
heatmap.2(m, col=colors, trace="none", Rowv=FALSE)

enter image description here

x和y轴在颜色键和直方图中的含义是什么？

此外，我注意到我能够使用 scale 参数缩放数据行或列 . 例如：

heatmap.2(m, col=colors, scale="row", trace="none", Rowv=FALSE)

我将能够得到：
enter image description here

我应该如何解释行z-score？

谢谢大家！

r heatmap gplots

1 回答

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    它只是矩阵 m （值与频率）中所有值的直方图，以及它们与指定的热图颜色范围的对应关系 . 使用 scale 参数，您已将 m 中的每个值转换为行Z分数，或者高于或低于其行平均值的标准偏差数 . 这使得分布以色标的中点为中心，因此热图具有更高的对比度并且更易于解释 .

    要检查热图以提供最佳细节和可解释性，您可以打开 trace 并检查线条是否位于相当大比例的瓷砖的顶部和底部（或最左侧和最右侧） .

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