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使用R和缩代词的流行病学曲线给出了错误的epiweeks

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我一直在尝试使用 epitools 包在 R 中制作流行曲线 . 根据文档，您可以从日期变量自动生成流行病学周，类似于我在 STATA 中长期做的事情 . Fyi，流行病学周与年周数不同：

根据定义，一年中的第一个epi周在1月的第一个星期六结束，只要它在该月至少下降四天 . 每个epi周从星期日开始，到星期六结束 .

graphlabels <-epicurve.weeks（DATE_variable，axisnames = FALSE，xlab = "Week of Year"，ylab = "Cases per week"，tick.offset = 0.5，col = mypalette）axis（1，at = graphlabels $ xvals，labels = graphlabels $ cweek，tick = FALSE ，line = 0，
）

这会自动生成一条漂亮的曲线：

http://imgur.com/AG2P5mM

"Hurray!!"，我想 . 但是，唉，作为一名科学家，我使用 STATA 以及手动双重检查数据并注意到数据不对应！

  • 我在 epitool 包装上做错了，它给了我错误的史诗周吗？
r date ggplot2

1 回答

  • 2

    经过一些进一步的讨论和研究，流行病学周数如何计算存在差异 .

    EPITOOLS as.week

    在公共卫生中，可报告的疾病通常通过“疾病周”（报告的一周或症状发作的一周）报告 . 在R中，同一周的周数从0到53 . 第1周的第一天从一年的第一个星期日或星期一开始 . 第1周前的天数编号为0 . 与R相反，as.week函数生成从1到53编号的周 . 在第1周之前的一周采用从上一年的最后一周开始的值（52或53） . as.week功能有助于多年工作并产生流行曲线 .

    MMWR week

    MMWR周的数值范围为1至53，但大多数年份为52周 . 任何MMWR周的第一天是星期天 . MMWR周编号顺序从1开始，每周递增至最大值52或53. MMWR年的MMWR周＃1是一年中第一周，在该日历年中至少有四天 . 例如，如果1月1日发生在星期日，星期一，星期二或星期三，则包括1月1日的日历周将是MMWR星期＃1 . 如果1月1日发生在星期四，星期五或星期六，则包括1月1日的日历周将是上一年的最后一个MMWR周（＃52或＃53） . 由于这个规则，12月29日，30日和31日可能会落入以下MMWR年度的MMWR第1周 .

    EPIWEEK for STATA

    每个流行病学周从星期日开始，到星期六结束 . 并且一年中的第一个流行病学周在1月的第一个星期六结束，前提是它在该月至少下降四天或更多天

    ISO (or business) week

    ISO周编号年（也称非正式ISO年）有52或53周 . 那是364或371天而不是通常的365或366天 . 额外的一周在这里称为闰周，尽管ISO 8601不使用该术语 . 周从星期一开始 . 一年的第一周是包含一年中第一个星期四的一周

    Week "u" in SAS

    每个流行病学周从星期日开始，到星期六结束 . 一年中第一个流行病学周包含星期天 . 周数范围从0到53，但并不总是计算7天

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