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对象太深了所需的数组 - scipy.integrate.odeint

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我've just started with Python yesterday, and I' m使用 scipy.integrate.odeint 收到错误 .

我已经定义了一个函数

def SIR(x, t, beta, gamma, mu, M):

它取 numpy.array 个对象 x ， t 和 M ;和标量浮动 beta ， gamma 和 mu .

M 的大小是 (60,60) ，但我认为这不重要 .

x 和 t 都是非单独的， x.shape 是 (180,) ， t.shape 是 (5000,) . 我试过给它们一个单独的维度，这样它们分别具有形状 (180,1) 和 (5000,1) ，但我仍然得到同样的错误：

In [1]: run measles_age.py
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/utils/py3compat.py in execfile(fname, *where)
    173             else:
    174                 filename = fname
--> 175             __builtin__.execfile(filename, *where)

/Users/qcaudron/Documents/SIR/measles_age.py in <module>()
    111 
    112 
--> 113         x = integrate.odeint(SIR, x0, t, args=(beta, gamma, mu, M));
    114 
    115 #       plot(t, x);


/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/scipy/integrate/odepack.py in odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, full_output, ml, mu, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin, ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords, printmessg)
    141     output = _odepack.odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, ml, mu,
    142                              full_output, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin,
--> 143                              ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords)
    144     if output[-1] < 0:
    145         print _msgs[output[-1]]

即使 SIR 只返回 x ，如果我从 x 和 t 除去所有参数，我也会收到此错误：

def SIR(x, t):
    return x;

如您所见，导致错误的行是

x = integrate.odeint(SIR, x0, t, args=(beta, gamma, mu, M));

编辑：

我被要求添加 SIR 方法的完整代码 . 因为's relatively long, I'已经在pastebin中删除了完整的.py脚本：http://pastebin.com/RphJbCHN

再次感谢 .

python numpy scipy odeint

2 回答

  • 3

    从tutorial看起来 integrate.odeint() 的第一个参数需要是一个函数来操作（在你的情况下） x0 和 t . 由于 SIR() 函数只接受一个参数，因此操作失败 . 从 SIR() 返回的结果的大小和/或形状可能与其余参数相关 .

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  • -1

    我可以通过多种方式重现您的错误 .

    如果 y0 参数或 odeint 的 t 参数不是1-D数组，则会立即发生错误 . 在pastebin上发布的代码示例中（在注释中引用）， t 被重新整形为：

    t = np.arange(0, 520, 1);
t = t.reshape(len(t),1);

    删除重塑 t 的行 . t 必须是1-D数组，而不是具有形状（len（t），1）的2-D数组 .

    例如...

    In [177]: def SIR(x, t):
   .....:     return x
   .....:

    这有效......

    In [178]: x0 = [0.1, 0.2]

In [179]: odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])
Out[179]: 
array([[ 0.1       ,  0.2       ],
       [ 0.16487213,  0.32974426],
       [ 0.27182822,  0.54365643]])

    这会导致错误：

    In [180]: x0 = [[0.1, 0.2]]  # wrong shape

In [181]: odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-181-a37878f92395> in <module>()
----> 1 odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])

/home/warren/anaconda/lib/python2.7/site-packages/scipy/integrate/odepack.pyc in odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, full_output, ml, mu, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin, ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords, printmessg)
    142     output = _odepack.odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, ml, mu,
    143                              full_output, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin,
--> 144                              ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords)
    145     if output[-1] < 0:
    146         print _msgs[output[-1]]

ValueError: object too deep for desired array

    检查您给 odeint （第二个参数）的初始条件是1-D numpy数组（不是具有形状（1,180）或（180,1）的2-D数组） .

    如果 SIR 返回一个形状错误的数组，我也会得到'object too deep...'错误 . 它必须返回一维数组，其形状与第一个参数相同 . 确保它是真正的1-D，而不是具有形状（1,180）或（180,1）的2-D .

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