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随机效应与lmer的置信区间
我正在使用来自 lme4 包的 lmer 来计算方差分量的置信区间 . 当我适合模型时，会出现警告消息： fit <- lmer(Y~X+Z+X:Z+(X|group),data=sim_data) Warning messages: 1: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkCon... -
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glmulti，lmer fit（线性混合模型）和gls合身模型（lme包）
为什么glmulti R包中的函数在lmer fit（线性混合模型）和gls fit模型（lme包）上不能很好地工作： A.提取模型平均系数？它的coef功能不起作用 . 我在lmer拟合模型（即混合模型）上使用glmulti R包并运行模型选择 . 但是我没有做模型平均，因为即使我应用了这里提到的包装器getfit（）函数，coef函数也不起作用glmulti and liner mixed m... -
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在R lmer中指定多个随机效应（从HLM模型转换）
我试图将HLM7软件中的模型运行“转换”为R lmer语法 . 这来自现在无处不在的“数学成就”数据集 . 结果是数学成绩分数，并且在数据集中有各种学生级预测因子（如少数民族身份，SES，以及学生是否为女性）和各种学校水平预测因子（如天主教与公众） . 我想要拟合的模型中唯一的预测变量是学生级预测变量，它们都是以群组均值为中心来处理虚拟变量（除了：对比度代码更好） . 学生们嵌套在学校里，所以我们... -
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用先前估计的值重新开始混合效应模型估计
我在包 lme4 中使用 lmer() 来估计混合效果模型 . 这很有效，但现在我想在固定数量的迭代中运行估算过程，然后通过指定由上一个估算过程计算的起始值来恢复过程 . 根据 ?lmer 的帮助，这可以通过设置参数： start - 这些是新的起始值，根据帮助，可以从拟合模型中提取插槽 ST 中的值并使用这些值，即使用 x@ST maxiter - 作为 control 的命名参... -
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R-lmer以随机效果丢弃未使用的级别
我在 lmer （ lme4 1.1-9）中调用 lFormula 函数来获得随机效应稀疏模型矩阵的转置（ Zt ） . 问题是输出矩阵中未使用的级别被丢弃 . 有没有办法解决这个问题？ 我意识到这个问题可能看起来很尴尬，所以here是一个关于GitHub Gist的例子，试图使用一个比观察更多级别的因子来拟合多成员模型 . -
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如何使用具有嵌套效应的线性混合建模开发的模型来预测值？
我有一个在R中使用5个变量开发的模型 . 选择线性混合建模方法来开发具有嵌套效应的模型 . 我的模型开发的R代码如下： model1 <- lmer(Reduction.factor ~ (1|PAI:Open.wind) + (1|PAI:Temp) + (1|PAI:Height)+ (1|PAI:Density)+ PAI , data = model) 4个参... -
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为什么aov和lmer之间存在巨大差异？
我有一个混合模型，数据看起来像这样： > head(pce.ddply) subject Condition errorType errors 1 j202 G O 0.00000000 2 j202 G P 0.00000000 3 j203 G O 0.08333... -
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测试R中固定效应和随机效应之间相互作用的重要性 . 正确的语法？
我正在使用R中的lmer进行混合模型，我对某些编码有点困惑 . 我测量了35个近交系（基因型）在果蝇中的雄性和雌性 Health 状况超过三个区块 . 我的响应变量是'适应度'，n = 10个人/性别/行/块测试 . 性是固定的，块是随机的，并且嵌套在块内是随机的 . 我主要对性和线之间的相互作用感兴趣 . 因此我的模型看起来像 m1<-lmer(FitnessCured~Sex+(1|Bl... -
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在混合模型中运行Summary（）后出现Colnames错误
R version 3.1.0 (2014-04-10) lmer package version 1.1-6 lmerTest package version 2.0-6 我目前正在使用lmer和lmerTest进行分析 . 每次我向随机结构添加效果时，运行summary（）时会出现以下错误： #Fitting a mixed model: TRT5ToVerb.lmer3 = lmer(T... -
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在R中，使用qqmath或dotplot绘制来自lmer（lme4包）的随机效果：如何使它看起来很花哨？
qqmath函数使用lmer软件包的输出产生很好的随机效应图 . 也就是说，qqmath非常适合绘制层次模型中的截距及其在点估计周围的误差 . 下面使用名为Dyestuff的lme4包中的内置数据，给出了lmer和qqmath函数的一个示例 . 代码将使用ggmath函数生成分层模型和一个漂亮的图 . library("lme4") data(package = "l... -
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在R中模拟lmer（）模型中的交互效果
是否有一个具有以下功能的R包： （1）模拟交互变量的不同值，（2）绘制一个图表，该图表显示了相互作用中不同的术语值对Y的相互作用的影响，（3）与配有lmer的模型很好地配合（ ）lme4包的功能？ 我已经看过arm，ez，coefplot2和fanovaGraph包，但找不到我想要的东西 . -
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从lmer对象中提取处理方法并计算误差条
[我正在详细介绍我的背景实验 - 我很清楚 lmer 的方法，只是不清楚如何提取我需要的一些值/手动计算它们，因此我将它发布在SO而不是CV上 . 我希望这是发布的正确位置！] data are here . 我的实验有一个分裂图设计，其级别为：Block / Plot / Subplot . 有6个街区 . 每个块中有2个图，每个图中有两个子图 . 治疗1有两个级别（A和B），并在Plot级别应...