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Py2app与原生Python 2.6
我有一个python应用程序主要依赖于matplotlib，tkinter，numpy和scipy我一直在分发多个操作系统 . 我在python 2.6的python.org版本之上构建这些 . 对于mac，我在过去使用py2app和pyinstaller取得了很好的成功，可以构建我的应用程序的独立版本 . 然而，最近，我已经包含了需要patsy，pandas和igraph的功能，并且必须移动到p... -
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igraph中的共同性
共同性被定义为链接节点之间的Pearson相关系数 . 例如，对于通过公式获得的小图g： g=graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5) 其边缘列表具有以下形式： [,1] [,2] [1,] 1 2 [2,] 2 3 [3,] 2 5 [4,] 3 4 链接节点的程度具有以下值： [,1] [,2] [1,] 1 ... -
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使用R中的igraph包传播顶点属性
我正在寻找一种智能方法，使用带有R语言的igraph包在有向图中传播顶点属性 . 我对网络和属性的命名并不熟悉，但我会尽我所能 . 一个例子： library(igraph) library(dplyr) from_to_df = data.frame(from = c("a", "b", "c", "d", &quo... -
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ARPACK页面排名错误
我在R中使用igraph包来运行PageRank . 我为我的图运行它并得到了这个错误： 在arpack.c：1130：ARPACK错误，由LAPACK例程dlahqr计算的Schur形式无法由LAPACK例程dtrsen重新排序 . 我在网上看到，这可能是由于你的图表有多个不相交的组件造成的 . 所以我跑了 gList = decompose.graph(g) is.connected(gL... -
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为什么igraph spinglass给我'Cannot work with unconnected graph'？
我正在尝试不同的社区检测算法，并能够获得所有社区检测算法期望spinglass的一些结果 . 我使用完全相同的图表，但我收到错误 . 码 g = Graph.TupleList(tupleMapping) cl = g.community_spinglass() 错误 File "/Library/Python/2.7/site-packages/igraph/__init__.py&... -
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单社区检测算法
以下是我的数据集的演示： 由Twitter帐户组成的大型社交网络，包括非常大的相关帐户的关注者，这些关注者的关注者以及这些关注者的关注者，每次迭代都会为机器人帐户，私人帐户等进行清理 . 总节点数：约500,000 总连接数：95百万 4个节点有超过3百万个连接 567个节点有超过100,000个连接 一半的数据集有3个或更少的连接 这说，在子社区进一步聚类之前， I ... -
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有向图中的特征向量
我想用igraph包测量R中262000个节点和1M边缘的有向图的特征向量中心性 . 当我运行命令时，我收到此错误： > ev<-evcent(amazon,directed=TRUE) .Call中的错误（“R_igraph_eigenvector_centrality”，图形，定向，比例，：在arpack.c：1174：ARPACK错误，达到的最大迭代次数De plus：警告消... -
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Igraph加权中介度计算的归一化
我有一个无向网络，我在 Igraph 与加权边缘一起工作 . 对于特定的图形 out ，我可以使用 edge.betweenness.community 函数计算 Igraph 中的社区，并使用 edge.betweenness 计算每条边的中间性 . 我可以通过编写以下内容告诉 igraph 包括每条边的权重： largest <- which.max(sapply(modules, vc... -
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kknn中的specClust（） - arpack迭代限制增加
我正在将谱聚类应用于具有4200行和2列的数据集 . spec <- specClust(df1, centers=7, nn = 7, method = "symmetric") 我有以下错误 . n .Call("R_igraph_arpack", func, extra, options, env, sym, PACKAGE = "i... -
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将igraph对象转换为R中的数据框
我正在使用iGraph库，我需要在网络上运行一些统计分析 . 我正在使用iGraph计算几个变量，然后想要将这些指标用作几个回归中的因变量，将顶点属性用作模型中的自变量 . 所以，我能够加载数据，运行igraph分析，但是我无法将igraph对象转回数据框 . 我真的不需要保留边缘，只需将每个顶点转换为观察结果，每个行中的属性作为列 . 我尝试了以下方法： fg <- fastgreedy.... -
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igraph从邻接列表生成邻接矩阵
我在邻接列表中有友谊数据 . 样本中的每个人（用id表示）最多可以提名5个朋友（f1-f5） . 名为“net_test”的数据框如下所示： id f1 f2 f3 f4 f5 1 1101 1113 1112 NA NA NA 2 1102 1111 1113 1103 1105 NA 3 1103 1105 1110 NA NA NA 4 ... -
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R用于逐个从网络中删除节点并输出最大的连接组件
我需要模拟基于不同节点属性从R中的igraph中删除网络节点的影响 . 我创建了一个函数，在其下创建一个基于节点的矩阵及其相应的中介中心性，对此进行排序，然后循环遍历矩阵中的每个节点，删除节点并计算最大连通组件的大小，打印此输出进行分析 . testbet<- function(g){ n<-length(V(g)) mat<- matrix(ncol=2,nrow=n,... -
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Mpi4py的运行速度不比串行代码快
当我尝试计算具有10,000个节点的图形的中间性以进行测试时 . 似乎mpi并行版本与串行版本一样快 . 我真的不知道问题出在哪里 . 这是MPI代码： from igraph import * from pyunicorn import Network,mpi import time def master(): ig = Graph.Lattice([100, 100], 1, Fals... -
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按顶点属性值过滤igraph对象
mymatrix 是igraph对象（加权邻接矩阵）： > summary(mymatrix) IGRAPH 14317c4 UNW- 810 8761 -- + attr: name (v/c), year (v/n), bad (v/n), new (v/n), weight (e/n) 其中一个节点属性是 year ： > summary(V(mymatrix)$year) ... -
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测试图表是否在Python上的Igraph中连接
在Python中（我还没有检入R），Igraph告诉我图G不使用G.is_connected（）连接，而Networkx告诉我它是使用nx.is_connected（G）连接的 . 知道我的图表，我知道networkx就是那个 . 某处是否存在已知错误，或者这两个包对连接图有什么不同的定义？ 事实上，我想知道我的图形是否连接在一定意义上，从图形中的任何顶点到任何其他顶点都有一条路径 . 如何用ig... -
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使用Python在igraph中创建网络的性能瓶颈
我正在尝试使用igraph python模块创建一个巨大的网络 . 我正在以下列格式迭代一系列字典： d1={'el1':2, 'el3':4, ...,'el12':32} d2={'el3':5, 'el4':6, ...,'el12':21} 网络是按以下方式创建的：每个节点都是字典的键之一，其中的属性表示节点所有值的总和（例如，考虑到两个给定的字典，el3将为9） ，如果它们一起出现在同... -
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将图形转换为outdegree 1（除了额外的零权重边缘）
我在python中从http://www.dis.uniroma1.it/challenge9/download.shtml读取http://www.dis.uniroma1.it/challenge9/data/rome/rome99.gr等图形 . 例如，使用此代码 . #!/usr/bin/python from igraph import * fname = "rome99.gr... -
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二分网络中的顶点属性
首先，我对R很新，如果这是一个简单的问题，请道歉 . 我有一个.csv，有一个组边缘网络，与之关联的人以及人和组的一些属性 例如 团体人物游戏团体游戏简爱斯诺克斯诺克网球B约翰多伊足球足球比尔史密斯网球网球弗朗西斯安德伍德足球足球弗朗西斯安德伍德足球网球 我画了一个二分网络： df <- read.csv("file.csv", header = TRUE, sep ... -
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在igraph中重新编码顶点属性
我有一个属性是一个字符的图形 . 我想将字符转换为数字变量： #install.packages(c("igraph", "igraphdata")) library(igraph) library(igraphdata) data(macaque) get.vertex.attribute(macaque,"shape") 如何将“s... -
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for循环删除igraph中的顶点属性
我想在igraph中删除多个顶点属性 . 到目前为止，我尝试使用delete_vertex_attr函数进行for循环 . 但是，由于某种原因，它只删除列表中的最后一个属性 . 以下是一个简化示例： g <- erdos.renyi.game(10,.3) g <- set_vertex_attr(g,"a", index = V(g), 1) g <- s... -
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基于数据帧中的行标签子集igraph稀疏矩阵
我有一个igraph对象，它基本上是一个稀疏矩阵，其中列和行都用id标记 . 我还有一个带行标签和社区值的数据框 . 我试图通过选择与某个特定值的社区数据框中的行标签匹配的所有行和列来对邻接矩阵进行子集化 . 我已经尝试了匹配，plyr和子集的各种方法，但无法获得任何工作 . 以下是数据的两个子集 . match(g2, communi) >g2[1:3,1:3] 3 x 3 sparse... -
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ARPACK错误，达到的最大迭代次数
我正在使用R并运行领先的特征向量社区检测算法 . comm[2,]=c(membership(leading.eigenvector.community(g,options=list(maxiter=30120),weight=E(g)$weight)),max(leading.eigenvector.community(g,weight=E(g)$weight)$modularity)) 当我对... -
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R中与igraph中的转置边缘列表的邻接
我有一个相对较大的2模式网络，其邻接矩阵形式有4000行和9000列，我有兴趣查看列之间的关系 . 使用较小的网络我会做 t(matrix) %*% matrix ，但我认为9000 ^ 2矩阵会最大化我的计算机上的内存 . 一种选择是将igraph邻接矩阵转换为sna pacakge格式，并使用 sna::gt ，但我想知道igraph中是否有类似的功能？ 谢谢， -
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识别影响焦点节点介于中间的节点
我想知道识别影响焦点节点i的中介中心性的节点（j，k）的最佳方法 . 由于介于基于通过i的j和k之间的测地线，因此实现此目的的一种方法是获取网络中的所有最短路径，仅选择包含i的那些路径，并获取这些路径上的节点ID . 然而 library(igraph) test <- shortest_paths(sample_gnp(200,.001),from=1) 运行大约需要9秒钟，这... -
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使用Igraph在R中可视化多个网络
我需要在同一页面上可视化非常大量（10k）的不同网络，并为每个节点标记一个类型（二进制） . 除少数网络外，每个网络都相对较小 . 链接长度/加权对于此数据集并不重要，只要密度明显，就可以在较大网络上进行高度重叠 . 我已经查看了一些Igraph文档，并且能够使用节点/链接列表创建单独的图形 . 但是，如果可能的话，我想了解如何将大量网络（目前只有10k阵列，其中包含节点标识和内部类型）转换为10... -
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如何使用statnet / igraph创建包含边缘和隔离的网络
我的问题类似于此处发布的问题：Network adding edges error 我正在创建一个划痕的网络：我有13个时期的228个顶点的数据 . 在第一年，我只有1781个边缘：它们不涉及我的所有顶点（仅164个），因此剩余的节点应该是孤立的 . 我使用代码从边缘列表开始创建网络 fdi.graph.2003 <- graph_from_data_frame(fdi.edge.2003,... -
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是否有一个包将网络（）或igraph（）网络转换为R中兼容的Rgraphviz？
花了很多时间在SNA和igraph包中用于分析的格式格式化网络 . 这些和Rgraphviz所需的数据类型之间是否存在桥梁？通过这个，我的意思是，保留：源到目的地，标签，边缘权重，其他属性，如颜色等 . -
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使用R中的igraph仅显示网络图上的特定标签
我正在尝试绘制仅显示某些顶点的标签的图形 . 在这种情况下，我想只显示具有一定数量边的顶点的标签 . 我正在读取图形对象中的顶点和边缘，如下所示： nodes <- read.csv("path_to_file.csv") edges <- read.csv("path_to_file.csv") g <- graph_from_data_... -
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使用最短路径计算连接概率
我想知道igraph中是否有函数来计算加权图中顶点之间的连接概率，其中边的权重是相邻顶点连接的概率 . 我已经基于这样的邻接矩阵构建了一个图形，其中相邻连接概率形成权重（这适用于河流网络，因此图的每个节点仅连接到单个下游节点） . 我本来希望在igraph中使用类似 shortest.paths 函数的东西，但总和权重而不是计算它们的乘积，我无法找到改变它的方法 . 下面的例子展示了我如何根据我拥... -
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igraph无效顶点Id
我正在尝试使用以下代码运行igraph的快速贪婪社区检测算法： G = Graph() L = [] V = [] for row in cr: try: l = [] source = int((row[0]).strip()) target = int((row[1]).strip()) weight = int((r...