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热图中x轴上的对角线标注方向
在R中创建热图已成为许多帖子，讨论和迭代的主题 . 我的主要问题是将格式 levelplot() 或基本图形 image() 中可用解决方案的视觉灵活性与基本的 heatmap() ，pheatmap的 pheatmap() 或gplots' heatmap.2() 的轻松聚类相结合是棘手的 . 这是我想要改变的一个小细节 - x轴上标签的对角线方向 . 让我告诉你我在代码中的观点 . #exa... -
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更改格子图轴标签
我有一个非常基本的 xyplot ，我想在顶部（而不是底部）标记轴 . 是否有可能在特定的 xyplot 命令中执行此操作 - 不更改其他绘图的格子设置？ 对于轴本身我找到了一种方法： x=list(at=c(2,5,8),alternating=2, tck = c(0,1)) 但不是 xlab = list(label="CH4 concentration [uM]") ... -
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设置不同的缩放比例时的xyplot和inter-panel间距
在让xyplot为每个格子行使用不同的ylim（该部分工作）之后，我最终得到了面板之间的一些额外间距，我似乎无法骑行 . 在下面的例子中，我想 （a）删除每列之间的三个间距 （b）将第9个面板上的轴标记（即第一个第2行，第4列）显示在图的右侧 . （c）确保每个面板正好从0开始，正好以10结尾（在x和y上）：而不是现在的情况下的-0.1和10.1 . 提前致谢， 库（晶格）库（l... -
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格子图中格式化轴标签
在下图中，如何将y轴标签格式更改为常规（ xxx.xxx ）而不是科学？ df <- read.table(textConnection(" ypogr_act amount cumSum 2012-09-20 30.00 30.00 2012-11-19 1834.69 1864.69 20... -
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使用rpy2设置晶格图选项的问题
我正在尝试使用来自numpy数组的数据，使用rpy2和lattice来创建热图或颜色强度图 . 我使用的是python 2.6.2，R 2.10.1，rpy2 2.1.9，不确定哪个版本的格子 . 我已经完美地完成了它，除了我需要修改用于绘制相关变量（z）的水平的颜色渐变的默认晶格设置 . 具体来说，我想要灰度而不是品红色 - 青色默认斜坡 . 下面是生成虚拟数据帧并在vanilla R中创建灰度... -
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用格子绘制回归线
我在这里遇到了一些麻烦，请帮助我 . 我有这些数据 set.seed(4) mydata <- data.frame(var = rnorm(100), temp = rnorm(100), subj = as.factor(rep(c(1:10),5)), trt ... -
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R点图和后记[重复]
可能重复：从R函数中生成多个图形 我试图制作一个格子图的eps文件 . 创建了.eps文件，但该图似乎是空白的（使用'gv'） . 我一直在寻找互联网寻求解决方案，但没有运气 . 我的代码如下： mydf <- data.frame(col1=c(1,1,2,2,3), col2=c(1,2,1,2,1), col3=rnorm(5)) library(lattice) filename... -
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R：来自矩阵的多个晶格水平图
我的目标是使用共享相同颜色键的4个或更多个别图来构建一个水平图（来自晶格包） . 虽然使用函数似乎相对简单，但我还是找不到使用数据矩阵的解决方案 . 仅使用一个矩阵的工作级别图的示例： d <- replicate(10,rnorm(10)) levelplot(d) 我找到了使用print和split的部分解决方案，以在同一个屏幕上显示所有4个关卡图，但这些要求我要么关闭colorkey... -
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使用R中的lapply在网格上生成多个点阵图
如何将多个晶格图绘制到单个晶格图上，其中使用lapply函数生成图？ 以下是我使用内置的 mtcars 数据集到目前为止所尝试的内容的演示 . require(lattice) response <- c("cyl","disp","hp","drat") par(mfrow=c(2,2)) lapply(... -
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使用gridExtra的多个点阵图
有一种非常方便的方法来绘制多个图形，并且使用gridExtra - grid.arrange ： grid.arrange(plot1,plot2,plot3,plot4,plot5,plot6,plot7,plot8,plot9, ncol=3) 上面的命令在一个窗口中绘制3x3图形 . 现在，我正在使用我自己的点阵设置来绘制独特的线条等 trellis.par.set(my.setup... -
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热图像莱迪思的情节
我无法弄清楚格子 levelplot 是如何工作的 . 我现在玩了一段时间，但找不到合理的解决方案 . 样本数据： Data <- data.frame(x=seq(0,20,1),y=runif(21,0,1)) Data.mat <- data.matrix(Data) 用levelplot绘图： rgb.palette <- colorRampPalette(c(&quo... -
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使用for创建多个点阵图
我正在尝试使用网格命令生成多个图，如下所示： variable <- (string with variable names) for (i in 1:X){ mypath <- paste(i,' - ',variable[i],'.png',sep='') png(mypath,width=760) xyplot(get(variable[i]) ~ GroupVar... -
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格子图的错误消息
我试图在格子中使用xyplot绘制分布，但继续得到以下内容： factor.levels [level]中的错误：“builtin”类型的对象不是子集 数据 data<-structure(list(SAMS = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,... -
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单面板格子图，右侧（和底部）有轴
看起来它应该是一件简单的事情，但是我在处理单个面板时 . 似乎这样必须要求调用 panel.axis ，但我的尝试导致错误，或没有投诉，但没有改变情节 . library("lattice") set.seed(123) DF <- data.frame(x = runif(5), y = runif(5)) xyplot(y ~ x, data = DF) # def... -
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使用R在GGPLOT2散点图上绘制两个数据向量
我一直在试验 ggplot2 和 lattice 来绘制数据图表 . 我在 ggplot2 模型周围缠身时遇到了一些麻烦 . 特别是，如何在每个面板上绘制带有两组数据的散点图： 在 lattice 我可以这样做： xyplot(Predicted_value + Actual_value ~ x_value | State_CD, data=dd) 这将为每个列提供每个State_CD的面板 我... -
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如何更改莱迪思图形默认组颜色？
使用 groups 时，莱迪思为每个组提供不同的颜色 . 例： df <- data.frame(x=1:56, y=rnorm(56), class=1:14) # create some data xyplot(y ~ x, groups=class, data=df, type="l", auto.key=list(space="right"))... -
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用xyplot绘制两个大小的矢量长度
请注意，这是一个简化版本（因此我之前的帖子重复）： https://stackoverflow.com/questions/18358694/xyplot-2-separate-data-frame-lengths 它很可能包含太多信息，但要求提供相当基本的信息 . 再来一次： 我想用xyplot绘制2个不同长度的列（请仅使用xyplot） . 数据： Data <- data.frame(... -
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控制等值线图的zlim值
我有'格子'图形轮廓图的问题 . 我一直在尝试使用下面的代码创建一个等值线图，并且遇到了显示范围的问题 . 基本上，contourpplot函数使用我的响应（z）变量，ABSerror（见下文）的范围 . ABSerror http://danielcoakley.com/project/Testing/Temperature.png 但是，绘制的数据不会达到这些“最小值，最大值”限制，因为它们是... -
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在一个图中绘制多个散射矩阵
我觉得这个问题之前已被多次询问过，但是从我看过的问题来看，到目前为止，没有一个解决方案对我有用 . 我希望将两个相关矩阵的值绘制为散点图，在具有相同y范围（从0-1）的一个图中彼此相邻 . 我的原始数据是跨越数年112家公司的时间序列，我将其分为两个子集，即期间A和期间B.原始数据是动物园对象 . 然后我创建了两个时期的相关矩阵： corr_A <- cor(series_A) corr_B... -
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更改与R /晶格中的多个面板关联的条带的背景和文本
以下是我的工作示例 . require(lattice) data(barley) xyplot(yield ~ year | site, data = barley) 我想为不同的sprips添加不同的条带颜色，并且字体颜色也与背景颜色不同 . 例如： strip background colors = c("black", "green4", &qu... -
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使用晶格包改变xyplot中因子变量的绘图顺序
我有一个按因子分组的xyplot . 我为16个不同的站点绘制了盐度（AvgSal = Y）与时间（DayN = X），站点是因子（SiteCode） . 我希望所有的网站图都堆叠在一起，所以我将布局设置为一列16行 . First issue: 我想删除仅包含SiteCode标签的每个图上方的条带，因为它占用了大量空间 . 相反，我可以引入带有SiteCode名称的第二列，或者在与绘图相同的条带... -
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在格子图中更改绘图面板的大小
大家好我想用R中的 lattice 图解来解决一个小问题 . 我用 lattice 构建一个双y轴图 . 它很棒 . 我添加了我的数据的代码和 dput 版本（ xx 最后部分的数据框列表）： library(lattice) library(latticeExtra) #First graph #Format comma_fomatter <- function (lim, logsc =... -
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在格子图中抑制轴
我正在使用插入符号 featurePlot 函数来创建一个格子图 . X和Y轴显示在对角线框中（见图） . 我想要抑制这些轴 - 包括标记和标签 . 以为我可以将scale $ draw设置为NULL，但这不起作用 . 这是我尝试过的： trellisDefaultSettings = trellis.par.get() trellis.par.set(theme=transparentT... -
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Lattice xyplot不显示Y轴上的所有因子级别：不完整的图
我使用 Lattice 中的 xyplot() 来绘制由具有3列的数据帧定义的箭头：posi（数字），从（字符）到（字符） . 问题：有时，箭头超出了绘图的范围 . 换句话说，绘图窗口不够大，无法显示所有数据 . 我尝试明确添加因子水平，但无济于事 . 似乎如果因子"df$from"中不存在更极端的水平（例如"D"），则不计算这些水平以绘制绘图窗口 . 我看... -
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保存格子图
我正在尝试打开设备，但收到以下错误： > trellis.device(device="pdf", filename="runtime.pdf") Error in device.call(...) : unused argument (filename = "runtime.pdf") 当我尝试打开设备时，会发生同样的错误 p... -
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如何在使用lattice和latticeExtra制作的绘图中添加图例？
我使用格子和格子额外绘制五个不同区域的观察值和预测值 . 我使用xyplot绘制观察值，然后使用格子额外的as.layer函数来添加预测线 . 我想在图表中添加一个图例，但没有任何运气 . 以下是两个示例数据集以及用于绘图的代码 . 示例数据集一 . 我只包括两个方面 . example1 <- structure(list(model_predict = c(10, 25, 95, 23... -
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自动保存多页格子图
我想知道是否有人可以协助下面的代码 . 我有一个庞大的数据集（> 1000个主题），我正在尝试单独进行可视化 . 我很幸运能找到Tony Cookson从R-bloggers编写的代码，我在某处找到了错误，但我还没弄清楚在哪里 . 任何帮助将受到高度赞赏 . library(lattice) names = LETTERS[1:3] for(i in 1:3){ mypath <... -
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具有不同行数的格子图
我想用4个不同的面板创建一个格子图 . 其中2个面板应为2个盒子，而另外2个面板应为3个盒子 . 莱迪思自动在前两个面板中绘制一个空行（见下图） . 我怎么能删除这个空行/空格，以便在前两个面板中只显示line_a和line_b？ 例： library("lattice") set.seed(123) N <- 2000 dat_a_b <- data.fram... -
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在晶格封装中的水平条形图上重新排序y轴
我对R比较陌生，我想知道是否有人可以帮助我制作一个我想用格子包创建的条形图 . 我已设法创建下面的图（不能发布，因为我是一个新用户） . 每个小组代表单独物种的丰度，而条形代表每个物种在特定深度的幼虫阶段的堆积丰度 . 问题是我想以更直观的方式呈现深度，每个面板顶部0米，底部90米 - 这意味着轴和条子一起“翻转” . 我使用以下代码创建了这个图： # create a new column fo... -
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从斜率和截距绘制回归（格子或ggplot2）
我有一个微阵列数据集，我在其上进行了 limma lmFit() 测试 . 如果你没有't heard of it before, it'这是一个功能强大的线性模型包，可以测试大于20k基因的差异基因表达 . 您可以从模型中提取每个基因的斜率和截距 . My problem is: given a table of slope and intercept values, how do I ma...